中華民國98年9月10日總統令：
行政院副院長兼行政院消費者保護委員會主任委員邱正雄已准辭職，應予免職。
行政院政務委員兼臺灣省政府委員並為主席蔡勳雄，行政院政務委員兼行政院經濟建設委員會主任委員陳添枝，行政院政務委員兼行政院公共工程委員會主任委員范良銹，已准辭職，均應予免職。
行政院政務委員曾志朗、張進福、薛承泰已准辭職，均應予免職。
內政部部長廖了以，外交部部長歐鴻錬，國防部部長陳肇敏，財政部部長李述德，教育部部長鄭瑞城，法務部部長王清峰，經濟部部長尹啟銘，交通部部長毛治國，蒙藏委員會委員長高思博，僑務委員會委員長吳英毅，並均為行政院政務委員，已准辭職，均應予免職。
行政院秘書長兼福建省政府委員並為主席薛香川已准辭職，應予免職。
行政院主計處主計長石素梅，行政院人事行政局局長陳清秀，行政院新聞局局長蘇俊賓，行政院衛生署署長楊志良，行政院環境保護署署長沈世宏，行政院海岸巡防署署長王進旺，國立故宮博物院院長周功鑫，行政院大陸委員會主任委員賴幸媛，行政院國軍退除役官兵輔導委員會主任委員高華柱，行政院青年輔導委員會主任委員王昱婷，行政院原子能委員會主任委員蔡春鴻，行政院國家科學委員會主任委員李羅權，行政院研究發展考核委員會主任委員江宜樺，行政院農業委員會主任委員陳武雄，行政院文化建設委員會主任委員黃碧端，行政院勞工委員會主任委員王如玄，行政院原住民族委員會主任委員章仁香，行政院體育委員會主任委員戴遐齡，行政院客家委員會主任委員黃玉振，北美事務協調委員會主任委員邵玉銘，已准辭職，均應予免職。
內政部政務次長林中森，外交部政務次長夏立言，國防部副部長張良任、趙世璋，財政部政務次長張盛和，教育部政務次長呂木琳，法務部政務次長黃世銘，經濟部政務次長鄧振中，交通部政務次長葉匡時，僑務委員會副委員長任弘、薛盛華、許振榮，已准辭職，均應予免職。
行政院人事行政局副局長黃錦堂，行政院衛生署副署長鄭守夏、張上淳，行政院環境保護署副署長邱文彥，行政院海岸巡防署副署長王崇儀，國立故宮博物院副院長馮明珠，行政院大陸委員會副主任委員劉德勳、傅棟成、趙建民，行政院經濟建設委員會副主任委員胡仲英、單驥、黃萬翔，行政院原子能委員會副主任委員謝得志，行政院國家科學委員會副主任委員陳正宏、陳力俊、張文昌，行政院研究發展考核委員會副主任委員魏國彥、宋餘俠，行政院農業委員會副主任委員胡興華、黃有才，行政院文化建設委員會副主任委員張譽騰，行政院勞工委員會副主任委員潘世偉，行政院公共工程委員會副主任委員陳振川、鄧民治，行政院原住民族委員會副主任委員王進發 (Watan‧Kiso)，行政院體育委員會副主任委員林國棟、陳顯宗，行政院客家委員會副主任委員劉東隆，已准辭職，均應予免職。
行政院國家科學委員會所屬科學工業園區管理局局長顏宗明，已准辭職，應予免職。
特任朱立倫為行政院副院長。
特任蔡勳雄為行政院政務委員兼行政院經濟建設委員會主任委員，張進福為行政院政務委員兼臺灣省政府委員並為主席，范良銹為行政院政務委員兼行政院公共工程委員會主任委員，薛承泰為行政院政務委員兼福建省政府委員並為主席。
特任曾志朗為行政院政務委員。
特任江宜樺為內政部部長，楊進添為外交部部長，高華柱為國防部部長，李述德為財政部部長，吳清基為教育部部長，王清峰為法務部部長，施顏祥為經濟部部長，毛治國為交通部部長，高思博為蒙藏委員會委員長，吳英毅為僑務委員會委員長，並均為行政院政務委員。
特任林中森為行政院秘書長。
特任石素梅為行政院主計處主計長，吳泰成為行政院人事行政局局長，楊志良為行政院衛生署署長，沈世宏為行政院環境保護署署長，王進旺為行政院海岸巡防署署長，周功鑫為國立故宮博物院院長，賴幸媛為行政院大陸委員會主任委員，曾金陵為行政院國軍退除役官兵輔導委員會主任委員，王昱婷為行政院青年輔導委員會主任委員，蔡春鴻為行政院原子能委員會主任委員，李羅權為行政院國家科學委員會主任委員，陳武雄為行政院農業委員會主任委員，黃碧端為行政院文化建設委員會主任委員，王如玄為行政院勞工委員會主任委員，孫大川為行政院原住民族委員會主任委員，戴遐齡為行政院體育委員會主任委員，黃玉振為行政院客家委員會主任委員。
特派邵玉銘為北美事務協調委員會主任委員。
派朱立倫為行政院消費者保護委員會委員並指定為主任委員。
任命蘇俊賓為行政院新聞局局長，宋餘俠為行政院研究發展考核委員會副主任委員，顏宗明為科學工業園區管理局局長。