中華民國98年12月30日總統令：
任命鄭守夏為行政院衛生署中央健康保險局局長。
此令自中華民國99年1月1日生效。
中華民國98年12月9日總統令：
行政院文化建設委員會副主任委員張譽騰已准辭職，應予免職。
任命李仁芳為行政院文化建設委員會副主任委員。
此令均自中華民國98年12月10日生效。
特派黃俊英為99年公務人員特種考試海岸巡防人員考試、99年公務人員特種考試基層警察人員考試、99年公務人員特種考試關務人員考試、99年公務人員特種考試經濟部專利商標審查人員考試、99年第一次公務人員特種考試司法人員考試及99年國軍上校以上軍官轉任公務人員考試典試委員長。
中華民國98年11月27日總統令：
特派高明見為99年專門職業及技術人員普通考試導遊人員、領隊人員考試典試委員長。
行政院公民投票審議委員會委員賴浩敏已准辭職，應予免職。
此令自中華民國98年11月4日生效。
中華民國98年11月24日總統令：
任命鄧振中為國家安全會議副秘書長。
此令自中華民國98年11月25日起生效。
中華民國98年11月23日總統聘書：
敦聘行政院文化建設委員會主任委員盛治仁為中華民國建國一百年慶祝活動籌備委員會委員。
敦聘黃碧端為中華民國建國一百年慶祝活動籌備委員會委員。
此聘均自中華民國98年11月16日生效。
中華民國98年11月18日總統令：
特派陳皎眉為99年公務人員初等考試典試委員長。
中華民國98年11月16日總統令：
特任尹啟銘為行政院政務委員。
此令自中華民國98年11月16日生效。
中華民國98年11月13日總統令：
行政院文化建設委員會主任委員黃碧端已准辭職，應予免職。
特任盛治仁為行政院文化建設委員會主任委員。
中華民國98年10月23日總統令：
特派浦忠成為99年第一次專門職業及技術人員高等暨普通考試醫事人員、中醫師、營養師、心理師、語言治療師考試暨醫師考試分試考試、99年第一次專門職業及技術人員高等考試社會工作師考試典試委員長。
特派李選為99年第一次專門職業及技術人員高等考試牙醫師、呼吸治療師、助產師、職能治療師、獸醫師考試暨牙醫師考試分試考試典試委員長。
國家安全會議副秘書長高長另有任用，應予免職。
任命高長為行政院大陸委員會副主任委員。
中華民國98年10月20日總統令：
特派關中為中華民國慶賀聖文森獨立30週年慶典特使。
中華民國98年10月5日總統令：
行政院消費者保護委員會第6屆委員廖了以、尹啟銘、章仁香因本職異動，應予免職。
派江宜樺、施顏祥、孫大川為行政院消費者保護委員會第6屆委員。
任期自中華民國98年9月10日起至101年6月30日止。
中華民國98年9月30日總統令：
特任劉德勳為行政院大陸委員會副主任委員。
任命趙建民為行政院大陸委員會副主任委員。
此令自中華民國98年9月10日起生效。
特任梁啟源為行政院政務委員，朱景鵬為行政院研究發展考核委員會主任委員。
任命林聖忠為經濟部政務次長，夏錦龍 Obay‧Ataw‧Hayawan為行政院原住民族委員會副主任委員。