中華民國八十八年三月四日總統令：
公務員懲戒委員會委員長朱石炎已准辭職，司法院秘書長林國賢另有任用，均應予免職。
特任林國賢為公務員懲戒委員會委員長。
特任楊仁壽為司法院秘書長。
中華民國八十八年二月二十六日總統令：
立法院秘書長劉碧良已准辭職，應予免職。
特任林錫山為立法院秘書長。
中華民國八十八年二月二十五日總統令：
行政院消費者保護委員會委員張有惠因本職異動，應予免職。
特派謝深山為行政院消費者保護委員會委員。
中華民國八十八年二月十二日總統令：
任命林碧炤為總統府副秘書長。
中華民國八十八年二月十一日總統令：
任命胡為真為國家安全會議副秘書長。
右令自中華民國八十八年三月一日生效。
中華民國八十八年二月十日總統令：
特派饒穎奇為中華民國弔唁約旦哈什米王國國王胡笙駕崩及慶賀新王阿不都拉登基特使。
中華民國八十八年二月四日總統令：
駐馬拉威共和國特命全權大使石承仁已准退職，應予免職。
任命陳錫燦為駐馬拉威共和國特命全權大使。
內政部政務次長楊寶發，外交部政務次長李大維，財政部政務次長顏慶章，教育部政務次長李建興，經濟部政務次長張昌邦，交通部政務次長陳世圯，僑務委員會副主任委員葛維新、洪冬桂、明鎮華已准辭職，行政院衛生署副署長陳瑩霖另有任用，均應予免職。
任命楊寶發為內政部政務次長，李大維為外交部政務次長，顏慶章為財政部政務次長，楊國賜為教育部政務次長，曾勇夫為法務部政務次長，張昌邦為經濟部政務次長，陳世圯為交通部政務次長，葛維新、洪冬桂、朱建一為僑務委員會副委員長，楊志良為行政院衛生署副署長。
中華民國八十八年二月二日總統令：
任命吳秀光為臺北市政府研究發展考核委員會主任委員。
右令自中華民國八十八年一月十五日生效。
任命曹壽民為臺北市政府交通局局長。
右令自中華民國八十八年一月十二日生效。
中華民國八十八年一月廿九日總統令：
空軍一級上將唐飛已准退伍。
任命李子文為立法院法制局局長，鄧陽僖為預算中心主任，顧敏為國會圖書館館長。
中華民國八十八年一月二十八日總統令：
海軍總司令海軍二級上將伍世文，國防部參謀本部副參謀總長海軍二級上將李傑、國防部參謀本部副參謀總長兼執行官空軍二級上將夏瀛洲另有任用，均應予免職。
特任陸軍二級上將陳鎮湘為陸軍總司令，海軍二級上將李傑為海軍總司令。
任命海軍中將苗永慶、空軍中將王漢寧為國防部參謀本部副參謀總長。
右令均自中華民國八十八年二月一日生效。
任命陸軍中將鄧祖琳為國防部參謀本部副參謀總長。
國防部副部長陸軍二級上將王文燮另有任用，應予免職。
特任海軍二級上將伍世文為國防部副部長。
右令均自中華民國八十八年二月一日生效
特派蔡文斌為八十八年特種考試交通事業公路人員考試典試委員長。
中華民國八十八年一月二十七日總統令：
特派黃石城、蔡明華為中央選舉委員會委員。