為弘揚人權理念與普世價值，落實憲法保障人民基本權利，遵守國際人權規範，98年3月31日立法院通過《公民與政治權利國際公約》及《經濟社會文化權利國際公約》兩人權公約（下稱兩公約），以及《公民與政治權利國際公約及經濟社會文化權利國際公約施行法》。同年4月22日公布施行法並訂於12月10日施行，另於5月14日簽署兩公約批准書。
考量聯合國所提出與人權相關的巴黎原則、我國憲政體系與國情、相關機關職權分工及其他國家人權保障機構運作型態等面向，爰依《中央行政機關組織基準法》第28條規定成立任務編組之「總統府人權諮詢委員會」（委員聘期二年），於99年12月10日舉行第一屆第一次委員會議，正式運作。
蔡總統於105年5月20日上任後，為持續推動我國人權的促進與保障，於同年5月27日核示本會繼續運作，並於12月29日本會舉行第四屆第一次委員會議時親臨致詞表示，「人權是普世價值，但卻永遠需要透過在地實踐，才能夠真正實現」，並期勉全體國人「向上看齊、向下扎根」，讓臺灣的人權成為世界其他國家的高標準。