李總統登輝先生經過多日來的考量，並徵詢各方面意見後，基於連院長卓越的學識與能力，對行政院政務的推動極為穩健嫻熟，並衡酌當前政局安定與團結的需要，已就行政院院長連戰於第九任總統就職前，率同副院長、部會首長及政務委員所提總辭案，作了正式的決定。李總統在連院長所提的總辭簽呈上批復：「所謂辭去行政院院長職務，著毋庸議，至行政院副院長、各部會首長及不管部會之政務委員呈請辭職一節，請衡酌報核。」
總統府吳秘書長表示，總統府已將總統批復的公文送達行政院。吳秘書長也指出，行政院連院長於今年二月一日第三屆立法委員就職時，為顯示行政院對立法院負責的憲政意旨提出總辭，經第八任總統同意後，再提名連戰先生為行政院院長，並經李總統咨請立法院行使同意權，於二月二十四日獲過半數同意。連院長的任命基礎與過程，己充分顧及民意政治與責任政治的憲政意義；目前連院長獲李總統批復續任行政院院長職務，因並非為行政院院長的另一次提名，當然也就不涉及咨請立法院行使同意權問題。
吳伯雄並進一步指出，我國自行憲以來，歷任總統任期屆滿時，行政院長均依慣例辭職，而在慣例中有二次副總統兼行政院長的情形，一次是民國四十九年間，行政院陳院長誠於任內當選為第三任副總統，陳院長於第二任總統任期屆滿前總辭，經第三任總統批復仍繼續兼任行政院長。另一次是民國五十五年間，行政院嚴院長家淦於任內當選為第四任副總統，嚴院長亦於第三任總統任期屆滿前，循例總辭，經第四任總統批復仍續任行政院長。而上述二次先例均未再咨請立法院行使同意權。