總統也以箋函致立法院王金平院長，箋函內容為：
貴院本（95）年4月21日台立院議字第0950050370號咨請公布修正「三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例」部分條文乙案，本人業已依法明令公布，惟以本條例部分條文容有違憲之重大爭議，宜尋求釋憲或修法解決，俾符憲政法理。
總統也同時以箋函致行政、司法、考試三院院長，內容為：
立法院咨請公布修正「三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例」部分條文乙案，本人業已依法明令公布，惟以本條例部分條文容有違憲之重大爭議，宜尋求釋憲或修法解決，俾符憲政法理。
監察院部份則以總統府陳秘書長唐山箋函致監察院杜秘書長善良，內容如下：
立法院咨請 總統公布修正「三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例」部分條文案，經呈奉 總統批示：「本條例部分條文容有違憲之重大爭議，宜尋求釋憲或修法解決，俾符憲政法理。」該修正案並已於本（95）年5月1日依法明令公布。