總統府發言人黃重諺今（1）日表示，對於新任中央研究院院長遴選一事，總統府於今（105）年5月12日馬前總統任內，已函復中研院表示遴選過程「於法尚無不合」；而蔡總統在就任後，經過審慎檢視過去總統府對本案的立場，並親自聽取中研院代理院長王汎森及遴選委員會召集人王瑜副院長說明遴選程序及適法性後，決定將繼續進行院長遴選的程序。
黃重諺說，中央研究院係我國學術研究最高機關，蔡英文總統對於新任院長的遴選相當重視，也認為應慎重釐清部分人士對於院長遴選過程提出的疑義。因此在就任後，立即指示副秘書長劉建忻召集府內相關局處幕僚研商並調閱相關資料，了解520前總統府內專案會議的研議情形及後續處理。經查，中研院已於5月11日致函立法院及總統府，詳細澄清外界對遴選程序的質疑，總統府也於5月12日函復中研院，認定此次中研院院長遴選過程「於法尚無不合」，因此中研院院長遴選結果的適法性，應已無疑義。
黃重諺表示，為求慎重，蔡總統另於5月26日約見中研院代理院長王汎森及遴選委員會召集人王瑜副院長。王代理院長及王副院長向總統說明，院長遴選委員會的9位委員是在面談所有被提名人後，以無記名方式投票選出4位候選人依序推薦給評議會做決定，展現了委員之間的高度共識，且遴選過程完全保密。遴選委員會為9位海內外院士所組成，雖然背景各不相同，但在各自的學術領域擁有崇高地位，有其自主性與判斷能力，不可能如部分人士所疑，有人為操控的問題。
黃重諺也說，對於修改中央研究院評議會會議規則一事，中研院5月11日致立法院及總統府的說明中已指出，4月16日召開評議會時，於67位出席評議員中獲得65票贊成，以接近共識決同意修訂會議規則，其生效程序也符合相關法律、及過去修正會議規則的處理慣例。
黃重諺指出，蔡總統在聽取各方面的相關報告後，認為無論根據520前總統府公開的對外說法或者是中研院的說明，都確定遴選結果的合法性及有效性已無疑問。黃重諺強調，總統與三位候選人皆不認識，但基於相信並尊重中研院評議會的結果，將會循慣例處理並依法啟動總統遴選程序。