陳總統水扁先生今天下午在第三四六次軍事會談中，針對各界所關注的國防及國安議題，提示四點意見。總統談話內容為：
近日有關過去軍購弊案的調查及國安重大事件的發生，均引起各界及國人同胞的高度關注，阿扁和各位一樣，願意以最嚴肅的態度來積極面對，也要藉著今天的機會提出四點意見與全體同仁共同勉勵：
一、政黨輪替之後，落實軍隊及情報國家化、貫徹情治機關法制化是政府堅定的決心。當然，改革一定要面對過往的缺失，更必然會歷經一時的陣痛，但是改革的決心和目標絕對不容撼動。十年前，個人有機會擔任立法院國防委員會召集委員任內，就提出「軍隊國家化、情治單位法制化、軍政軍令一元化、軍品採購公開化」四大國防改造方向，印證於政黨輪替後的發展及近日之事件，個人可以說有最深的感觸。一年多以來，國防及情治單位多項重大改革能夠平順漸進、逐步落實，應當讓所有同仁及國人同胞感到欣慰，然而，正當改革轉型的關鍵時刻，未能防範漏失、根絕積弊，更是我們必須痛定思痛、深自檢討的當務之急。
二、國安、國防及情治單位肩負國家安全的神聖使命，多年來捍衛國家安全、維護社會安定，讓國家及人民得以在安定中追求繁榮進步，功不可沒。尤其近年來，不論台海危機，抑或總統大選、政權轉移等重大敏感關鍵時刻，皆能堅守崗位發揮保國衛民的機制功能，安然渡過危疑震撼的歷史關鍵，所有國安單位、國軍弟兄以及情治單位無名英雄的默默奉獻，國人同胞應該給予高度的肯定。少數個人的貪瀆風紀問題，不應減損全體的榮譽及貢獻，更不能撼搖我們的軍心士氣。不管是過去或現在的弊端，有過失就要面對，讓一切回歸事實的追究與法制的建立。對於違法潛逃者，相關單位必須竭盡所能緝捕歸案、繩之以法，內部管理缺失也要徹底檢討改進。危機就是轉機，更是痛下針砭、浴火重生的契機。
三、民主國家一切以法治為依歸，以監督制衡為原則。政黨輪替之後，政府逐步貫徹「情報國家化」以及「情治機關法制化」的目標絕不因任何的困難而打折。過去若干非制度化的作為，儘管有其歷史緣由及時空背景，未來都必須納入常軌、回歸法制，並且接受監督。個人已經在今年一月九日明確指示，貫徹情治單位法制化，國安局過去非制度內的相關經費必須依法解繳國庫。如何更進一步建立完整的情報監督機制，強化情報工作預算內部控管與外部監督，參照先進民主國家的制度和經驗，確立情治工作的法制基礎，可以說是落實改革的首要工作。包括「國家機密保護法」及「政府資訊公開法」等相關配套立法措施，都應該儘速推動完成。
四、政黨輪替讓台灣的民主成就受到舉世的矚目與讚揚，如何讓民主的成果繼續發揚光大，並且以此做為民主改革的活水動力，是我們共同的使命。個人上任以來，一再強調中華民國要以人權立國，捍衛自由、民主、人權的普世價值，讓人權立國成為台灣新世紀的新指標。今天，阿扁要再次強調，國家安全與新聞自由之間絕對沒有必然的矛盾和對立。國家安全是國家人民賴以生存之所繫，新聞自由則是鞏固民主改革的根基，兩者皆不可偏廢。面對重大國安事件，相關單位本於職責，必須依法偵辦、化解危機，其用心可以體會。然而，在憲法的保障與成熟的民主制度之下，國家安全與新聞自由都不能無限上綱。任何人都不能以國家安全為理由而斲喪斷送民主的生機，甚至以國家安全的大纛做為損害新聞自由的藉口。在最近的事件中，我們應當期許的是，國家安全與媒體自由必須並存兼顧，相關單位在危機處理、損害控管的過程中，對於偵辦的方式必須審慎檢討。相信媒體也能謹守專業的自律，發揮民主監督、輿論制衡的功能，善盡做為第四權的社會責任，共同來維護民主的價值與國家的安全。