陳總統水扁先生今天上午以主任委員的身份主持「政府改造委員會」第三次委員會議，會中首先通過「行政院組織改造的目標與原則」作為行政院組織改造的理念基礎與運作標準。隨後並確立行政院機關應包括三個政策統合機關、兩個行政管理機關及十八個業務機關，其中包括新設之「海洋事務部」與「環境資源部」。同時，會中並建議行政院在院本部下設置若干幕僚單位（參照附表一、二），以加強行政院政策統合與領導調控的能力。
陳總統在會中特別說明，「海洋事務部」之設置，係考量國家的實際需求而得。因為，妥善地保育及運用海洋生物與礦物資源，有效發展我國海洋漁業，並努力與發展快速的國際海洋法制體系充分接軌，乃是台灣身為國際社會一份子應盡的義務，也是應享的權利。海洋事務部的設置，代表著我國向全世界宣告，台灣將成為一個熱愛海洋、善待海洋、善用海洋的國家。惟因海洋事務部係新設的部會，其機關組織與職掌，仍將由行政院審慎規劃設計。總統在會中亦說明，「環境資源部」係整合環保署及其他有關生態保育與國土資源規劃、管理之相關部會業務而成。今後水資源與其他國土資源的管理，將不再是決策分散的多頭馬車局面。這需要一個專責部會，把環境資源保育與國土資源管理結合起來。這對台灣這塊土地的永續發展來說，是非常重要的。
基於我國特殊的外交情勢，為維繫海外僑胞對於國家的情感，凝聚僑民向心，會中決議僑務委員會仍單獨設置。另外，有鑒於軍人對國家社會之重大貢獻，應設專責機關為他們提供妥善的照顧，會中決定將行政院國軍退除役官兵輔導委員會改制為「部」之層級。同時擴大服務範圍，包括義務役退伍之後備軍人，定名為「退伍軍人事務部」。惟其中有關福利服務之範圍，仍由行政院研議，以免造成國家財政過重之負擔。此外，為顯示政府對國寶級藝術文物之尊崇與重視，國立故宮博物院的設置也依照幕僚會議之建議，將改隸為總統府。惟將來應朝法人化的方向研議，其最終目標，在於使故宮博物院成為更自主、更有活力的文化機構，不但作為我國國寶文物的保管者，更成為精深博大中華文化的發揚者。
本次委員會議並通過「獨立機關」的二十項建制原則，提供行政院研擬「中央政府機關組織基準法」等相關配套法案之參考，至於個別獨立機關之改制與設置，將由行政院參照建制原則，廣徵眾議於適當時機審慎推動設立。
本次委員會議所建議之行政院組織調整架構及獨立機關建制原則，將提供作為行政院修正「行政院組織法」及「中央政府機關組織基準法」研擬之參考。有關行政院組織改造所涉及之公務人員權益保障事宜，也將在後續的政府改造委員會中加速審議。
總統在結語時強調，政府改造，必須在舉國菁英同心協力之下，一步一步達成，而政府改造委員會、行政部門和國會，各自在改造過程中的不同階段，扮演著重要的角色。他希望，未來對於立法委員們的建議，行政院應該以開放的胸襟思考，勇於採納更好的意見，而整個政府行政組織改造的方案，期能在今年四月底之前，由行政院送請立法院，並盼望立法院能儘速審議通過，並且在民國九十三年五月二十日生效。
總統並重申，為維持改造期間政府對人民的服務品質，政府改造工程將秉持「員工權益充分獲得保障」的一貫立場，有關考試院所研擬完成之「公務人員權益保障方案」，將在下次委員會議中討論後，提送考試院會議確認，再送請立法院審議。
總統並肯定行政院游錫院長於組閣時，要求所有閣員簽署不得反對政府改造的公約。總統希望，所有行政院的同仁都能體察游院長的苦心，確實落實這項公約。總統也深信，只要堅持理念、堅定信心，持續進行改造，終究會克服考驗，贏得人民的信賴，滿足人民對健全國家體制的殷切期盼。
總統結語談話全文如下：
首先，個人要再一次地感謝各位的辛勞付出，以及卓越的貢獻。今天，我們承續第二次委員會議決議，依循著「顧客導向、彈性創新、夥伴關係、責任政治、廉能政府」的理念，在「彈性精簡的行政組織、專業績效的人事制度、分權合作的政府架構、順應民意的國會改造」等議題架構之下進行研討，要為台灣實現一個「具有全球競爭力的活力政府」的願景。在這樣宏觀、進步、前瞻的大思考方向上，今天的第三次委員會議，我們做了更深入、具體的討論，也獲得了數項重要的結論。如果說，上一次的會議，是為政府改造的火車頭，指出了目的地與方向，那麼今天的會議，就代表了政府改造的列車，不僅已經啟動出發，更已經開始加速前進！對於本次會議的成果，個人相當滿意；相信對於政府改造抱持高度期望的國人，也會為這樣的進展感到鼓舞。
自第二次委員會議以來，陳執行長到任後，隨即偕同林執行秘書以及「彈性精簡的行政組織」研究分組委員，密集召開五次幕僚會議，承蒙各位委員也都撥冗相挺，快馬加鞭、不辭辛勞地討論研商，在短短兩個月內，提出了「行政院組織改造的目標與原則」與「行政院組織調整方案」。接下來，除了行政院組織調整的配套方案即將出爐，其他四項主要議題的研究分組，也都正在按部就班地積極運作。我們相信，在全體委員以及幕僚同仁的努力之下，必定很快就會有亮麗的成果。阿扁希望，整個政府行政組織改造的方案，能夠在今年四月底之前，由行政院送請立法院，也期待立法院能儘速、順利地審議通過，並且在民國九十三年五月二十日生效。在下一任總統就職、新的內閣組成之際，新的行政組織、新的國會制度，將會為我們的國家，打造一個堅固的基礎，創造一個全新的氣象！這不僅是身負領導改革重任的阿扁，對全體國人所許下的諾言，更是台灣民主品質改善、經濟競爭力提升、在未來世代中迎接全球挑戰，而能夠安全生存、永續發展的關鍵！
在今天的會議中，我們確認了「行政組織改造的目標與原則」，也討論了「行政院組織調整方案」。一般大眾很容易把目光集中在機關數字的調整，卻忽略了改造的整體理念。今天在政府改造委員會所通過的「行政院組織調整方案」，建立在「規模精簡化」、「建制合理化」、「強化政策的領導與統合」、「落實業務與組織的合理劃分」、「組織彈性化」等五個改造目標之上，而此五項改造目標，則分別對應二十項組織改造的原則。這些目標與原則的提出，目的在於建立一套明確具體的理念可供依循，藉以凝聚改革的動能，使組織制度的變革，不至於在複雜的因素牽動中迷失方向。
今天的會議，確立了未來行政部門之組織型態，分為「政策統合機關」、「行政管理機關」、「業務機關」及「獨立機關」四大類型；行政院所屬部會經調整後，也大致符合我們當初精簡三分之一左右的期待。
根據今天的決議，政府改造委員會建議行政院業務機關設置：內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟貿易部、通訊運輸部、衛生暨社會安全部、農業部、文化體育部、勞動暨人力資源部、環境資源部、海洋事務部、退伍軍人事務部、僑務委員會、原住民族委員會、客家委員會等十八個部會。
為了加強行政院的政策統合與領導管控能力，我們同時建議設立國家發展委員會、科技委員會、大陸委員會等三個政策統合機關，以及主計總署、人事總署二個行政管理機關。在獨立機關方面，其建制精神在於確保決策上需要高度專業、「去政治化」，及管制性或調查性之公共服務，能有效推動執行。會中委員們對設置之必要性已具共識，但是基於獨立機關之建制深具挑戰性，對於政府組織影響深遠，其設置時機，建請行政院參酌實際需要審慎為之。
越困難的改革，越需要集合眾人的智慧和力量。立法院是我們的最高民意機關，政府改造的實現，必定要獲得立法院的支持。政府改造，必須在舉國菁英同心協力之下，一步一步達成，而政府改造委員會、行政部門和國會，各自在改造過程中的不同階段，扮演著重要的角色。阿扁希望，未來對於立法委員們的建議，行政院要以開放的胸襟加以思考，勇於採納好的意見。另外，為維持改造期間政府對人民的服務品質，阿扁也要再次重申秉持「員工權益充分獲得保障」的一貫立場，考試院並已研擬完成配套的「公務人員權益保障方案」，將提報下次委員會議確認後，送考試院會議討論通過，再送請立法院審議。
政府改造即將在明確而堅定的願景、理念與目標下，逐步推展實踐。阿扁非常肯定游院長在組閣時，要求所有閣員簽署不得反對政府改造的公約。阿扁希望，所有行政院的同仁都能體察游院長的苦心，確實落實這項公約。阿扁深信，只要堅持理念、堅定信心，持續進行改造，終究會克服考驗，贏得人民的信賴，滿足人民對健全國家體制的殷切期盼。