馬英九總統今天中午由蕭萬長副總統及司法院長賴浩敏陪同，親自主持記者會，針對司法院大法官提名及審薦作業中的疏失，再度向社會大眾表示歉意，同時強調日後將改進相關提名審薦作業程序，納入社會觀感及人民感受，以符國人期待。
總統說，他已於昨（31）日發表道歉聲明，今（1）日再次對不周延之處表示歉意，並補充說明提名審薦之過程。對於邵燕玲法官即是性侵幼童爭議案的審判長，他在昨日提名之前並不知情；3月28日上午，他依既定程序約見包括邵法官在內的4位大法官被提名人選時，係就司法改革、憲法解釋、兩岸關係、死刑存廢及「法官法」等通案性議題交換意見，當時邵法官曾談及最高法院性侵案的判決，但並未提到渠本人即為該案審判長。總統強調，如果邵法官當時表示自己係該案審判長，他不會提名她；而31日上午6時許，他從媒體得知邵法官是該案審判長後，即與蕭副總統及相關首長進行處理。
總統指出，有關大法官提名及審薦的流程，除了目前對候選人學經歷、國籍、外國居留權及刑事紀錄等背景審查外，未來將建立一套改進的標準作業程序，納入風評及社會觀感等項目，費心調查各環節，以對候選人有更多瞭解。
針對各界所關注的性侵幼童案及修法進度，總統則表示，法務部已提出刑法有關「妨害性自主罪章」修正草案，刪除引起爭議的「違反其意願」規定，與他在99年9月16日對「白玫瑰運動」相關社運團體的承諾一致，同時政府也加重若干妨害性自主的刑期，避免法官審酌案件時，引起外界詬病的可能性。此外，總統府也於99年9月25日發表5點聲明，除重申政府進行修法的決心，也針對不需修法的部分，要求各機關改革，避免類似事件重演。
總統強調，司法要獨立，但不能孤立或獨裁，政府施政也不能脫離社會觀感及感受。此次作業過程中確實有應注意而未注意的部分，造成盲點、死角；對此，總統要向國人表示歉意，同時也將推動相關程序改革，調整關切重點，深刻瞭解人民感受，與人民同呼吸，以期符合民眾期待。
隨後，副總統也再度向總統及社會大眾表達歉意。副總統表示，此次大法官審薦過程中，對於各候選人的經歷、學歷、操守與專業，所有審薦委員皆認真加以審查，但當時卻未及時注意到邵法官曾做出讓民眾疑慮的判決；對於審薦過程不夠周延，以致提供給總統的資訊不夠完整，深感自責，特別向總統與社會大眾表示歉意。