馬英九總統今天前往南投縣勘察災情。上午，總統先抵達名間鄉弔唁因救災而不幸罹難的義消弟兄張瑞賢，肯定他發揮大愛、義勇救人的精神；此外，總統也前往悼念在此次救災中不幸因公殉職的空中勤務總隊飛行員張順發、機工長黃鎂智，同時向在場的隊員們一一握手致意，感謝他們為救災的無私奉獻。
總統在視察南投水里鄉新山村災情時，聽取相關單位簡報，並對風災來襲當晚，徹夜通知村民撤離，維護了全村145位村民生命安全的林美玲村長夫婦，表達敬意與謝忱。另一位協助新山村撤離的英雄是集集分局警員黎世斌，他不顧危險救援一對老人家、一名婦女及一位2歲小孩，總統也現場給予嘉勉。
總統表示，這次南投也遭遇莫拉克颱風肆虐，在9日當天雨量達到1800公厘，但是6日縣長就下令強制撤離危險地區村民，經過鄉長、村長一直下達到基層，報導指出林美玲村長夫婦從9日凌晨2點至6點，挨家挨戶勸離村民，致使大家都脫離險境。總統說，撤離工作相當重要，因為天災無法完全抗拒，人無法與天鬥，最好辦法就是在災難發生前撤離。即使不方便，但是至少可以維持生命，「留得青山在，不怕沒柴燒」，因此南投縣政府在防災方面表現的警覺心，令人敬佩，也希望經驗能夠傳承下來。
總統表示，莫拉克颱風造成重創，政府在救災及重建方面定會全力支援，在經費部份，昨天召開國家安全會議，本來行政院根據災害防救法可由現有預算云出400多億，但各部會及縣市政府提出的需求已超過1千1百多億，因此行政院已經決定立刻提出特別條例編列特別預算，至少700億，會讓安置與重建的經費儘量充裕。
總統進一步指出，主計處業去函各縣市政府，南投縣政府可以動用3億元的經費作緊急使用，倘不足可以向行政院主計處提出緊急需求，同樣地縣政府本身若有天然災害準備金或其他項目可以移緩救急，也可以儘快配合。
總統強調，救災後，重建工作刻不容緩，希望南投縣政府立刻成立重建委員會，中央已經在著手，星期一就會開始運作。重建的挑戰不會比救災小，因此希望縣政府與中央保持密切聯繫，共同投入重建。
面對媒體詢問為何遲至昨日才召開八八水災國安會議，總統表示，九二一之後已建立一套更完整的救災防災體制，在行政院就有災害防救委員會，有災難時中央立刻成立中央災害應變中心，地方成立地方災害應變中心，換言之，此一完整體制是李前總統在九二一震災後要求行政院儘速建立，其目的就是不需要臨時有事時才開會，制度即已經存在，而且從九二一之後就是如此處理。
總統表示，災害應變中心所需要的支援，災害防救法均有規定，它可以徵集人力、物力、排除法律的適用、可以不必遵守都市計劃法、預算法等規定，也就是依據災害防救法，只要有災害發生，政府就有法律的權利，去停止某些法律的適用，例如採購法招標、發包，而可採取限制性招標等。總統強調，災害防救法已經很完備，而不是一有災難來臨就要召開國安會議，昨日召開國安會議主要是因為進入重建階段，而重建所需經費與人力遠超過救災；此外，救災工作尚未結束，往後還有很多事情亟待處理。
對於此次救災，總統表示我們感到很抱歉，因為政府可以做得更快、更好，但確實有些因素限制而產生困難，例如在高雄縣原本可以更快救出更多災民，但因天候因素，影響飛機起飛，致使救出的人數不如這兩天多，其他縣市的災情，各相關單位，例如國軍及空中勤務總隊都已積極投入，政府會竭盡心力救災，並進行安置與重建，務讓災民得到妥善的照顧。
下午，總統前往台中市洲際棒球場出席「2009年第14屆世界青少棒錦標賽」開幕典禮，除應邀致詞，並以中英文宣布開賽。在開賽之前，全場與會人員也起立為八八水災罹難者默哀1分鐘，表達沉痛的哀悼之意。