馬英九總統在巴拿馬時間七月二日上午十一時（台北時間七月三日凌晨零時）在巴拿馬共和國新國會成立的第一次會議上發表演說，推許巴國政府與人民所展現的民主風範。
由於日前宏都拉斯發生政變，民選產生的總統被迫流亡國外，總統說，中華民國一向支持自由民主法治的制度，因此對於任何違反民主法治的行為，要表示譴責之意，同時希望宏國各界能在憲政體制之下，儘快恢復憲政秩序。
總統在國會致詞內容為：
這次本人偕內子到貴國參加總統就職及交接典禮，得以看見貴國政府與人民所展現的民主風範，印象至為深刻。在來訪期間，承蒙貴國熱誠接待及禮遇，謹代表中華民國政府與人民表達最誠摯的謝意。在各位就任後，個人有機會在國會第一次集會上發表演說，感到格外的榮幸，特別向議長先生、兩位副議長及各位議員朋友，表達我個人最由衷的感謝之意。
我非常希望藉這個機會，向各位表達我對貴國民主、貴我兩國邦交未來發展方向的看法。兩個月之前，貴國舉行了總統與國會議員的選舉，透過公平、公正、公開的方式，產生了總統與國會議員，展現出令人非常敬佩的民主風範。昨天，馬丁內利總統就職致詞時，特別稱道前任總統對巴拿馬的貢獻，這種民主的風範，令我印象非常深刻。另外，四天之前，宏都拉斯發生了令世界震驚的政變，由民選產生的總統被迫流亡國外，我注意到包括巴拿馬在內許多拉丁美洲國家，乃至全世界，都站出來譴責這個政變。中華民國一向支持自由、民主、法治的制度，因此對於任何違反民主法治的行為，都與各位一樣表示譴責之意，同時我們也希望宏國各界能在憲政體制之下，儘快恢復憲政秩序。昨天在馬丁內利總統就職典禮的場合，我看到宏都拉斯的賽拉亞總統也出席參加，並且剛好坐在我的旁邊，我對於巴拿馬支持民主法治制度的精神，以及拉丁美洲國家團結的友誼與正義感，印象非常深刻，在此特別表示欽佩與肯定之意。
本人在去年五月就職時，台灣與中國大陸的關係處於高度的緊張，而不久後又遭遇金融海嘯與經濟衰退。面對這個非常嚴峻的情勢，我們採取一系列的政策與改革，希望能把情勢穩定下來。本人的行政團隊在這段期間所採取的政策包括：第一，改善兩岸關係，締造海峽的和平；第二，改採活路外交，擴大我們的國際空間，回饋國際社會；第三，在尊嚴、對等、互惠的前提下，鬆綁對中國大陸經貿與投資的限制，振興台灣的經濟；第四，實施節能減碳，永續台灣的環境；第五，強化社會福利的體系，照顧弱勢國民；第六，堅持正派清廉，打造廉能政府。在改善兩岸關係方面，我們宣布在中華民國憲法的架構下採取「不統、不獨、不武」的政策，維持台海的現況，並且基於正視現實、建立互信、擱置爭議、求同存異、相互尊重、共創雙贏的原則，重啟兩岸停滯多年的制度性協商，也就是透過雙方代表性機構進行三次大型的會談簽訂了九個協議，一方面實現台海的大三通，同時在食品安全、相互投資、金融往來、共同打擊犯罪方面都達成了協議，因此海峽兩岸的經貿關係已逐步朝正常化的方向發展，現在也計劃與海峽的對岸簽訂經濟合作架構協議，進一步把雙方關係正常化。
其次，在與中國大陸關係和解的同時，我們也提出活路外交及外交休兵的理念，也就是台灣與中國大陸不應在國際社會中為爭取邦交國而惡鬥與內耗，雙方雖未在這個議題上進行協商，但雙方都釋出了善意，希望能夠在外交不要再進行零和遊戲，例如去年十二月我們有機會成為在世界貿易組織之下政府採購協定的締約國，又如今年五月我們有機會到日內瓦參加世界衛生大會年會，這是我們離開聯合國三十八年之後第一次有機會再回到聯合國體系，這一個發展是包括貴國在內全球許多國家都完全支持的發展。我們這樣的做法希望能夠不但在台海看到和平的曙光，而且對東亞的和平作出貢獻，在國際社會上台灣希望扮演的角色不是一個麻煩製造者，而是一個負責任的和平締造者。
本人在此要強調，在中華民國與中國大陸改善關係時，不但不會影我們與邦交國，包括貴國在內的關係，而且會強化雙方的合作，尤其是巴拿馬與我國建交100年，我們友誼非常穩固，因此我們會繼續強化此一關係。
前天我與馬丁內利總統見面時，曾向他說明中華民國非常希望維持並加強彼此關係，他也認為國與國的關係，有如人與人的關係一樣，忠誠是非常重要的概念，因此他非常願意與中華民國維持關係，並且繼續向進邁進。
我在去年就職後也提出與友邦未來的合作關係，一定是計畫導向，即先有計畫才有配合的預算，同時計畫有三個非常重要的關鍵：第一，目的必須要正當；第二，過程必須合法；第三執行必須有效，唯有這樣的計畫才能保證在執行時能成功，也才能真正讓人民感受到計畫所帶來的益處。
本人此行目睹貴國在杜里荷前總統任內反貪、擴建運河等重大施政，去年貴國經濟成長仍能維持9%，令人印象深刻，尤其是聯合國對貴國千禧年發展目標的最新評估報告指出，貴國在消除極度貧窮及飢餓、普及基礎教育、環境永續發展及強化全球合作發展伙伴等目標極具進展，本人對此深感讚佩。
昨天馬丁內利總統在就職演說中也提到，對於清廉、透明與負責政府的期待，這也是我這兩個月來訪問貝里斯、瓜地馬拉、薩爾瓦多所聽到同樣的主張，而這更是我本人長期以來大力的主張，因此貴我兩國享有同樣的核心價值，這一點我個人深感振奮，也希望將來在這些領域與貴國加強合作。
我相信未來兩國在許多方面能夠合作，例如在過去30年來台灣所舉辦的遠朋班，許多拉丁美洲友邦將領有機會到台灣參加講習與座談，我希望將來遠朋班的構想能延伸到經濟發展領域，換言之，能夠延伸至工業商業農業等方面，尤其在高科技業、中小企業、精緻農業，與貴國展開更進一步的合作。尤其是，我知道貴國現在對捷運的建設非常有興趣，我要跟各位報告，我擔任8年台北市長，任內完成5條捷運，規劃近10條，對捷運有一定的經驗，從2005、2006、2007、2008年，連續四年台北市捷運的營運都獲得倫敦大學帝國學院軌道策略中心就可靠性評比項目中，在全球25條捷運中被評選為第一名，因此我非常樂於與貴國分享經驗，希望儘速協助完成建設捷運的計畫。
台北市捷運每天要運送125萬人次，4000輛公車303條路線要運送175萬人次，兩項加起來一共300萬人次運量，這一點可提供貴國參考，可將捷運與公車結合作為大眾運輸主力。台北捷運使用悠遊卡，是一個wireless卡，只要靠近入口10公分即可感應，也可作為學生證使用，當小學生使用此卡進入學校時，卡片即會發生訊息告知家長小孩安全到校，使家長安心，廣受歡迎。
最後我要對各位議員熱烈出席這場盛會表達誠摯的謝意，並且以貴國偉人Justo Arosemena的一段話作為大家互勉的嘉言－「以人性、溫和、耐心處事，以慈善互相容忍，並以和平來細心維持團結一心的精神」。
敬祝貴國國運昌隆，議員朋友身體健康，兩國邦誼在雙方共同努力下與日俱進。
下午，總統搭乘巴拿馬火車（Panama Railway）前往箇朗，參觀長榮貨櫃場，並聽取該公司簡報。晚間，總統在下榻行館宴請旅巴僑胞代表。
馬總統致詞時表示，不論行程多忙，他一定要安排與僑界見面，因為中華民國的僑胞非常特殊，不但人多也很愛國，同時台灣的僑胞還有一項讓我們很敬佩的志業，就是傳承中華文化，這在全世界各國的僑民是少見的。上午，他到中巴文化中心訪視，看到許多僑胞出錢出力讓中華文化的薪傳得以繼續，他內心非常感動。下午前往箇朗參觀，搭乘的鐵路長達76公里，據資料顯示當時有許多華工參與興建，也為此付出了生命，因此僑胞對巴拿馬的建設也貢獻良多。
總統指出，去年他上任後，開始推動兩岸關係和解，並希望能延伸至國際關係中，在外交上則主張活路外交與外交休兵，這一年來海峽與國際社會間，兩岸都已出現明顯融冰現象，雙方也逐漸減少不必要的惡鬥，這是政府在外交工作上的重大成果。
總統表示，上午在國會的演說中，他特別強調希望與巴拿馬加強合作關係，也提出以計畫導向為合作的重要原則，如此才能真正嘉惠友邦民眾。而新任總統馬丁內利希望能為巴拿馬建設捷運工程，並請台灣提供經驗。他強調，中華民國願意與巴拿馬分享捷運經驗，他已指示交通部及外交部等相關部門，回國後即成立專案小組，根據巴拿馬的需求提供相關資訊，同時希望在短期內依據雙方的想法提出建議，台灣一定會盡全力協助巴拿馬完成捷運的興建。
總統也指出，他在與馬丁內利總統晤面時，馬丁內利總統特別提到，國與國的交往就如同人與人交往一樣要重視誠信，馬丁內利總統表示，他會繼續與中華民國保持友好關係。此外，他並對馬丁內利總統說，若巴拿馬未來有與中國大陸發展經貿關係的需求，我們不會反對，但希望巴拿馬仍能重視並維繫與我國的關係，目前情況符合我們的期待，他希望僑胞能放心，無論如何，政府一定永遠支持僑胞，僑胞也會永遠支持政府。