陳總統水扁先生今天下午表示，秘密投票是憲法保障的基本人權，不僅是選舉時要秘密投票，公民投票也應該遵守相同的原則。不能因為有無領票而讓別人知道自己的投票傾向－沒有領票的就是反對，有領票的就是要投贊成票並且是支持特定候選人－這種變相亮票的投票方式是行不通的，更是一種開民主倒車的舉措。
總統是在屏東縣代天府參香時，做了以上的表示。
總統表示，他來到代天府，除了為台灣民眾祈福之外，也祈求五府千歲保佑台灣能夠順利推動「以台灣名義加入聯合國」的公民投票，由於目前這個入聯公投案的連署人數已經超過176萬5千人，他有信心，到12月底，我們一定可以達成200萬的目標連署人數。總統強調，有200萬名20歲以上的公民參加連署，並以公民投票的方式向全世界表達我們以台灣名義加入聯合國的心願，相信我們最後一定會成功。
總統進一步表示，透過國外的民意調查，我們瞭解美國民眾在我國尚未通過公民投票之前，已有55％支持我國加入聯合國，倘若在3月之後我們通過公投，將有70％美國民眾支持我國加入聯合國；在日本方面，民調顯示日本相當支持台灣國家正常化，支持台灣應該進入聯合國，而目前尚未公投，已有超過70％、將近75％的日本民眾支持台灣成為聯合國會員國，倘若公投通過之後，日本將有81％的民眾支持台灣加入聯合國。這充分顯示了「德不孤必有鄰」的真諦。總統並勉勵大家，台灣人民的聲音及台灣民主的主流價值，已經得到美、日民眾的支持，我們一定要堅持下去，因為這是全體台灣人民都希望達成的願望。
總統指出，雖然某些政黨聲稱要加入聯合國，但他們提出來的訴求是行不通的，因為他們要用中華民國的名義重返聯合國。中華民國在聯合國的席位，早在1971年10月25日已經由中華人民共和國取代，倘若要以中華民國的名義重返聯合國，無異是要將中華人民共和國趕走、把他們所代表的席位搶回來，這是不可能的事情。我們不可能去跟他們搶中國代表權，因為在2758號決議中已經明確表示，中國席次是由中華人民共和國取代。因此，我們要加入聯合國，不能用中華民國的名義，而是要以台灣的名義，以新會員國的名義重新申請加入聯合國，這才是台灣唯一的出路。
總統表示，10月24日在總統府前展開的入聯聖火全國路跑活動，全程1200公里，今天這個路跑活動將從台東來到屏東，他希望各位鄉親父老晚上可以相約參加在屏東市舉行的「全民傳聖火‧前進聯合國」晚會。他希望明年總統大選時，台灣民眾可以一邊投票選出正、副總統，一邊進行公民投票，讓全世界瞭解，以台灣名義加入聯合國不是他個人的己意，也不是執政黨的一黨之意，而是台灣2,300萬人民的共同意志，我們要透過公投的方式向全世界來發聲，讓全世界聽到台灣人民的心聲。
總統進一步表示，這個聖火路跑的活動是為台灣而跑、為2,300萬台灣人民而跑、為台灣加入聯合國而跑；但有些人卻想要阻止這樣的活動，令人十分痛心。此外，不僅是阻止入聯聖火路跑的活動，現在又想要阻止公投的進行。這個公投案將在明年3月時一定可以成案，這是無法阻擋的，因此杯葛的人現在希望能夠讓公投結果不過關，進而提出「兩階段投票」的說法－先投正、副總統的選票之後，再重新領取公投選票，然後投票。對於這種說法，總統表達質疑並強調，台灣民眾並不是不曾投過票，過去還曾經一次投五張票，五合一的選舉，從中央到地方，大家都可以分清楚，知道怎麼投票，不會混淆，怎麼可能這次不過只有三張票，一張正、副總統選票、兩張公投案選票，竟然說大家不會投，而要分成兩階段？總統認為，一定要採取最民主的投票方式，落實「秘密投票」的原則，不論是正、副總統要選誰，或是公投案的贊成或反對，都不可以亮票，不可以讓人家知道立場，這是秘密投票的真諦。總統強調，秘密投票是我們的基本人權，這也是憲法所保障的，不僅是選舉時要秘密投票，公民投票也應該遵守相同的原則。不能說有沒有領票讓別人知道－沒有領票的就是反對，有領票的就是要投贊成票並且是支持特定候選人－這是變相的亮票，是行不通的。我們不能開民主倒車，因此，他呼籲大家一定要支持一階段投票，也支持中選會能在下次會議中盡快通過一階段投票的措施，以保障民眾投票的權利。