陳總統水扁先生今天下午前往教廷駐華大使館，代表中華民國政府及二千三百萬人民，為教宗若望保祿二世辭世表達最深摯的哀悼之意。
總統在教廷駐華代辦安博思蒙席、總統府秘書長游錫堃及外交部部長陳唐山陪同下首先向教宗靈前行三鞠躬禮，隨後並與安博思代辦晤談，表達對教宗蒙主榮召之哀悼與不捨。
總統首先對於教宗的辭世再次敬致悼意，並表示，在獲知消息後第一時間他即透過外交部代為表達他本人及夫人吳淑珍女士內心的悲痛，並指示總統府與行政院降半旗，表達政府哀悼之忱。此外，今天早上他也代表中華民國政府與人民發表談話，對教宗生前追求世界和平的偉大貢獻表達最崇高敬意，更希望能持續推動教宗生前遺願，追求台海永久和平與穩定。總統也確信，教宗在天國也一定能繼續帶領我們追求台海和平，同時帶領世人追求全世界的和平。
總統告訴安博思代辦，四月二日晚上在家中，他與其他世人一樣，心中祈求著奇蹟出現，盼望教宗能恢復健康，同時也希望教廷發言人發表聲明時，能帶來教宗康復的好消息，直到四月三日凌晨，不得不休息時，總統仍然懷抱著奇蹟出現的希望，但後來得知教宗辭世，他心中十分難過與悲傷，夫人吳淑珍女士也同感悲痛，因為，她在二○○三年七月時曾親赴教廷晉見教宗，與教宗有晤面之緣。
總統進一步指出，當時透過電視轉播，看到教宗與夫人同樣坐在輪椅上，兩人握手的歷史性一刻，他本人感動得熱淚盈眶。今天前來，同時也要代表夫人轉達哀悼之意。
安博思代辦則感謝總統撥冗前來致悼，並表示，教宗生前一直對中華民國政府與人民在追求兩岸和平所做的努力深表感謝與肯定。對於總統府與行政院降半旗表達哀悼，安博思代辦深表謝意並強調，教廷與中華民國擁有良好情誼，他非常希望雙方能繼續加強彼此關係，同時期望總統能親自參加教宗葬禮。
總統則告訴安博思代辦，3月26日台灣人民對中國通過「反分裂國家法」發聲而走上街頭，其訴求基本上與教宗所追求的民主和平理念正好相同。總統並感謝安博思代辦邀請他親自代表中華民國政府與人民參加教宗葬禮，他也相信教宗畢生追求世界和平的努力與貢獻將會永存世人心中。