＜解釋憲法聲請書 目錄＞
壹、聲請解釋憲法之目的
貳、疑義或爭議之性質與經過及涉及之憲法條文
參、聲請釋憲之理由及對本案所持之立場與見解
一、憲法第52條憲政意旨與規範目的，在於避免妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能，應作最廣義之理解。
二、憲法第52條「不受刑事上之訴究」，應包括從偵查、起訴到審判階段，法務部轄下台灣高等法院檢察署查緝黑金中心檢察官就總統「國務機要費」使用問題，於2006年6月29日分案偵查，傳喚及訊問總統，並向總統要求取得有關資料、文件，均屬違憲。
三、現任總統在偵查與審判階段皆不能為被告，更不能在起訴書中形式上未起訴現任總統，卻將總統列名為共同正犯，台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書95年偵字第23708號之起訴行為，以及台灣台北地方法院之審判行為（北院錦刑團95矚重訴字第4號貪污等案），均屬違憲行為
四、總統不得拋棄憲法賦予之刑事豁免權，法務部轄下台灣高等法院檢察署查緝黑金中心檢察官之偵查，台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書95年偵字第23708號案之起訴，台灣台北地方法院之審判（北院錦刑團95矚重訴字第4號貪污等案）均屬違憲行為，不因總統曾受訊問而有所影響
五、現任總統是否負有證據或文書提出義務，應依「首長特權（行政特權）」（Executive Privilege）理論個案具體衡量，若基於國家安全或外交機密之考量，總統得主張「國家機密特權」（State Secrets Privilege） ，現任總統只要提出揭示該資訊之危險具有合理性，即不負有證據或文書提出義務。
六、台灣台北地方法院北院錦刑團95矚重訴字第0960001154號函之內容，已構成重大明顯之違憲，且將造成侵害總統職權與洩漏國家機密等無法回復之損害，情況急迫，貴院應立即為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案訴訟程序，並廢棄台灣台北地方法院開放閱卷之裁定。
七、現任總統在偵查與審判階段皆不能被傳喚作證。
八、基於共同正犯一體性之法理（犯意聯絡與行為分擔形成一個犯罪共同體），對總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，應一併暫時不得追訴、審判，給予「程序上之暫時豁免」(litigation immunity; temporary immunity)，俟總統卸任後再予處理。
九、法院組織法第63條之1於最高法院檢察署設特偵組偵查總統，有違憲法第52條總統刑事豁免權。
肆、關係文件之名稱及件數
＜解釋憲法聲請書＞
壹、聲請解釋憲法之目的
總統為國家元首，由全國人民依國民主權原理直接選出，對內肩負統率全國陸海空軍、任命行政院院長、副院長、各部會首長及不管部會之政務委員等文武官員，決定國家安全有關大政方針、依法公布法律、發布命令…等重要憲法職責；對外則代表國家，表示國家意志，係憲法上之重要機關，其職權、地位與功能應受憲法之保障。故憲法第52條明文規定：「總統除犯內亂或外患罪外，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究。」同時，依據憲法賦予總統之職權與權力分立原則，總統對於「軍事、外交或敏感之國家安全機密」應有拒絕向法院提供資訊之特權，亦即「國家機密特權」(State Secrets Privilege) ，受絕對之保障。維持該等資訊之機密性，乃為總統有效行使其在憲法上就外交及國家安全等事項之憲法職權所必需。
查法務部轄下台灣高等法院檢察署查緝黑金中心檢察官就總統「國務機要費」使用問題，於2006年6月29日分案偵查，並陸續訊問總統，向總統要求取得有關資料、文件，嗣於2006年11月3日以台灣台北地方法院檢察署檢察官95年偵字第23708號起訴書（附件一，以下稱本案為國務機要費案），將總統夫人吳淑珍等人以共同貪污及偽造文書罪嫌提起公訴(於犯罪事實欄一、二最末段以括弧方式記載：此部分總統陳水扁先生所涉貪污及偽造文書罪嫌因受憲法第52條之保障，俟其經罷免或解職後再行訴究等語)；且於「證據並所犯法條」欄第肆點載入「核被告等所為，被告吳淑珍係犯刑法第216條、第210條、第214條之偽造文書罪嫌與貪污治罪條例第5條第1項第2款之公務員利用職務上之機會詐取財物罪嫌，被告吳淑珍雖未具公務員身分，然其與具有公務員身分之人共同實施犯罪，請依刑法第31條第1項論以共犯」。
台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書95年偵字第23708號案，已由台灣台北地方法院審理（北院錦刑團95矚重訴字第4號貪污等案），進行準備程序。本案檢察官形式上雖未起訴總統，惟其起訴書卻以認定總統係犯罪共同正犯為前提，將總統以檢察署起訴書認定為「未經起訴之共同正犯」，並將總統夫人以共同貪污及偽造文書罪嫌提起公訴，此一偵查總統與起訴行為，以及台灣台北地方法院審理本案之行為，應已違反憲法第52條之規定。
其後立法院根據憲法增修條文第2條第9項及立法院職權行使法第44條之1規定，於2006年11月間第3度提出審查與表決罷免總統案，其係以指摘總統涉及貪污等刑事案件作為罷免之理由，更具體敘明以台灣臺北地方法院檢察署檢察官起訴書作為依據。
憲法第52條規定：「總統除犯內亂或外患罪外，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究」，所謂「不受刑事上之訴究」其範圍為何？其為「實體上之永久豁免」(substantive immunity; permanent immunity)抑或「程序上之暫時豁免」(litigation immunity; temporary immunity)？豁免範圍是否包括偵查、起訴到審判等全部刑事訴訟程序？現任總統在偵查程序及審判程序中得否列為被告？於偵查與審判程序得否強制現任總統作證或提出證物？若指摘現任總統為共犯時，於其他共犯之審判程序是否有證人適格與作證義務？得否對現任總統實施對人或對物之強制處分權？總統之刑事豁免權，總統得否放棄？基於共同正犯一體性之法理（透過犯意聯絡與行為分擔而形成一個犯罪共同體），對總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，是否一併暫時不得追訴、審判，俟總統卸任後再予處理，俾防止妨礙總統之尊榮與地位，以免實質侵犯總統之刑事豁免權？總統因行使職權適用憲法發生疑義，及與法院刑事案件審理之職權，發生適用憲法之爭議，爰依司法院大法官審理案件法第5條第1項第1款之規定，聲請 貴院解釋。
另查2006年1月13日立法院修正通過法院組織法時，新增第63條之1第1項第1款，於最高法院檢察署設特別偵查組，職司涉及總統、副總統、五院院長、部會首長或上將階級軍職人員之貪瀆案件。其中有關最高法院檢察署特別偵查組得偵查現任總統貪瀆案件部分，應有牴觸憲法第52條規定之疑義。特別偵查組依同條第1項第2款職司選務機關、政黨或候選人於總統、副總統或立法委員選舉時，涉嫌全國性舞弊事件或妨害選舉之案件，其得偵查之「候選人」依文義包括競選連任之現任總統在內，與憲法第52條規定及 貴院釋字第388號解釋是否有所牴觸，亦生疑義。爰依司法院大法官審理案件法第5條第1項第1款「行使職權適用法律發生有牴觸憲法之疑義」之規定，聲請 貴院解釋。
再者，刑事訴訟法第176條之1規定：「除法律另有規定外，不問何人，於他人之案件，有為證人之義務。」基於憲法第52條保障總統職權、地位與尊榮規定之意旨，現任總統在偵查與審判階段皆不能被傳喚作證。參照此意旨，憲法第52條「不受刑事上訴究」是否應解為刑事訴訟法第176條之1所稱之「法律另有規定」，現任總統在偵查與審判階段皆不能被傳喚作證？亦一併聲請 貴院解釋。
以上所列涉及憲法總統刑事豁免權之諸多疑義，不僅攸關總統職權之行使，更與全國政局之穩定息息相關，乃大是大非之憲政問題。總統不能因為個人及家人受人懷疑指控，而忽略總統刑事豁免權及「國家機密特權」(State Secrets Privilege)之重大憲法問題。基於保障與捍衛總統之憲政地位，為維繫國家民主憲政體制，爰依司法院大法官審理案件法第5條第1項第1款規定，聲請 貴院大法官為憲法解釋，以釐清憲法第52條適用之疑義，及法院組織法第63條之1第1項第1款及第2款、刑事訴訟法第176條之1是否牴觸憲法第52條規定之疑義，以維護憲法之尊嚴。
更且，憲法第52條總統刑事豁免權之保障範圍，實為台灣台北地方法院審理前揭國務機要費案應審酌之先決問題。為維持憲法秩序之一體性，避免法院具體個案審理程序與 貴院憲法解釋產生矛盾之結果，並及時保護普通法院免於陷入政治漩渦，故一併聲請 貴院為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案之訴訟程序，俟 貴院大法官闡明憲法第52條保障之範圍後，由 貴院依大法官審理案件法第17條第2項諭知有關機關執行之方法。
更重要者是，台灣台北地方法院審理前揭國務機要費案，業已於2007年1月19日發函總統（附件二：北院錦刑團95矚重訴字第0960001154號函），要求總統「請查如說明三所示之事項，並請以最速件方式於民國96年1月22日中午12時前，將相關文件送院核辦」等語，並載明「…（總統）應依期覆知本院，否則屆期不得再行主張本案有任何國家機密保護法之適用。若事後再以其他事由爭執，即有刑法第138條隱匿公務員職務上掌管文書及物品罪嫌，而應併由檢察官依法追訴。」此一函文內容明顯違反憲法第52條總統刑事豁免權之規定，並侵犯總統依據憲法權力分立原則所擁有之「國家機密特權」(State Secrets Privilege)。且依據該函內容，該院將逕行認定有關6項機密外交工作之卷宗於2007年1月23日開放閱卷，此對於總統之憲法職權以及國家安全與機密外交資訊之洩漏，將造成不可回復之重大損害，具有事實上之急迫性，故有聲請 貴院為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案訴訟程序之必要性，並請廢棄台灣台北地方法院開放閱卷之裁定，以保障憲法賦予總統之職權及維護憲法權力分立原則，並防範6項機密外交工作資訊一旦洩漏，將造成國家安全與機密外交不可回復之傷害。
貳、疑義或爭議之性質與經過及涉及之憲法條文
一、本釋憲聲請案，係依司法院大法官審理案件法第5條第1項第1款規定：「中央或地方機關，於其行使職權，適用憲法發生疑義，或因行使職權與其他機關之職權，發生適用憲法之爭議，或適用法律與命令發生有牴觸憲法之疑義者。」由總統基於憲法機關之地位，向 貴院聲請釋憲及暫時處分。
二、查法務部轄下台灣高等法院檢察署查緝黑金中心檢察官就總統「國務機要費」使用問題，於2006年6月29日分案偵查，並陸續訊問總統，向總統要求取得有關資料、文件，嗣於2006年11月3日以台灣台北地方法院檢察署檢察官95年偵字第23708號起訴書（附件一），將總統夫人吳淑珍等人以共同貪污及偽造文書罪嫌提起公訴(於犯罪事實欄一、二最末段以括弧方式記載：此部分總統陳水扁先生所涉貪污及偽造文書罪嫌因受憲法第52條之保障，俟其經罷免或解職後再行訴究等語)；且於「證據並所犯法條」欄第肆點載入「核被告等所為，被告吳淑珍係犯刑法第216條、第210條、第214條之偽造文書罪嫌與貪污治罪條例第5條第1項第2款之公務員利用職務上之機會詐取財物罪嫌，被告吳淑珍雖未具公務員身分，然其與具有公務員身分之人共同實施犯罪，請依刑法第31條第1項論以共犯」。
三、本案檢察官形式上雖未起訴總統，惟其起訴書卻以認定總統係犯罪共同正犯為前提，將總統以檢察署起訴書認定為「未經起訴之共同正犯」，並將總統夫人以共同貪污及偽造文書罪嫌提起公訴，檢察官偵查總統與起訴之行為，以及台灣台北地方法院審理本案之行為，已嚴重違反憲法第52條之規定。
四、台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書於2006年11月3日公布後，立法院部分委員依此提出第三次罷免案，罷免案案由係以「本（11）月3日高檢署查緝黑金中心協同台北地檢署偵辦國務機要費案結果，正式將陳總統夫婦及親信，以共同貪污及偽造文書罪嫌提起公訴（陳總統本人因受憲法第52條之保障，俟罷免或解職後再行訴究），直接證實陳總統本人已涉及貪瀆罪嫌」（附件三：立法院議案關係文書院總第1679號）。
五、惟查憲法第52條規定：「總統除犯內亂或外患罪外，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究」，其「不受刑事上之訴究」其範圍究竟為何？其為「實體上之永久豁免」(substantive immunity; permanent immunity)抑或「程序上之暫時豁免」(litigation immunity; temporary immunity)？是否包括偵查、起訴到審判等全部刑事訴訟程序？現任總統在偵查程序及審判程序中得否列為被告？檢察官起訴書內以未起訴總統但敘明犯罪事實之方式，是否「證實陳總統本人已涉及貪瀆罪嫌」？另於偵查與審判程序得否強制現任總統作證或提出證物？現任總統為共犯時，於其他共犯之審判程序是否有證人適格與作證義務？得否對現任總統實施對人或對物之強制處分權？總統之刑事豁免權，總統得否放棄？另基於共同正犯一體性之法理（透過犯意聯絡與行為分擔而形成一個犯罪共同體），對現任總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，是否一併暫時不得起訴、審判，俟總統卸任後再予處理，俾防止妨礙總統之尊榮與地位，以免實質侵犯總統之刑事豁免權？
六、本案在刑事偵查程序中，檢察官以犯罪之重要關係人身分訊問總統，卻又告知總統可能涉及之罪名及可以聘請律師在場，實為踐行刑事訴訟法第95條對被告應告知之事項，已將現任總統視為刑事被告看待，如此顯然與憲法第52條規定「不受刑事上之訴究」相牴觸。同時，本案檢察官形式上並未起訴現任總統，但已指明現任總統為刑事犯罪之共同正犯，法院予以審理，已明顯牴觸憲法第52條之規定。前揭諸多憲法疑義，俱與總統職權之行使有重要關聯。惟台灣台北地方法院審判長卻口頭裁定本案並無違憲問題，總統行使憲法職權，與台灣台北地方法院行使司法審判權，已產生適用憲法之爭議。
七、台灣台北地方法院審理前揭國務機要費案，於2007年1月19日發函總統（附件二：北院錦刑團95矚重訴4字第0960001154號函），要求總統「請查如說明三所示之事項，並請以最速件方式於民國96年1月22日中午12時前，將相關文件送院核辦」等語，並載明「…（總統）應依期覆知本院，否則屆期不得再行主張本案有任何國家機密保護法之適用。若事後再以其他事由爭執，即有刑法第138條隱匿公務員職務上掌管文書及物品罪嫌，而應併由檢察官依法追訴。」此一函文內容明顯違反憲法第52條總統刑事豁免權之規定，並侵犯總統依據憲法權力分立原則所擁有之「國家機密特權」(State Secrets Privilege)，更顯示總統行使職權，與台灣台北地方法院行使職權，發生適用憲法之爭議，且該爭議影響總統維護國家安全之憲法職責，具有迫切性與重大性。該函文並明白表示：「本院認前所函詢攸關國家機密保護法之國家機密核定流程及所調閱之相關核定資料，並非國家機密，亦非所謂國家機密特權涵蓋之內容…」按「國家機密特權」(State Secrets Privilege)所涵蓋之內容，屬憲法爭議，有聲請貴院解釋之必要性。
八、且依據該函內容，該院將逕行認定有關6項機密外交工作之卷宗於2007年1月23日開放閱卷，此對於總統之憲法職權以及國家安全與機密外交資訊之洩漏，將造成不可回復之重大損害，具有事實上之急迫性，故有聲請 貴院為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案訴訟程序之必要性，並廢棄台灣台北地方法院開放閱卷之裁定，以保障憲法賦予總統之職權及維護憲法權力分立原則，並防範6項機密外交工作資訊一旦洩漏，將造成國家安全與機密外交不可回復之傷害。
九、國務機要費乙案之審理，不僅已造成我國憲政體制運作空前之危機，亦使民間社會之對立與分裂情勢遽升。總統負有捍衛憲法尊嚴與政治安定之責任，有必要循憲政程序，向 貴院聲請釋憲，以解決本案所涉及之重大憲政爭議，並捍衛現任及未來擔任總統職務者之憲政地位與尊嚴。法學各界對於本案承辦檢察官偵查訊問總統之行為，以及認定總統夫人吳淑珍涉及貪污治罪條例第5條第2款的利用職務上機會詐取財物之行為，依刑法第31條不純正身分犯加以起訴，形同起訴書已認定總統為本案貪污治罪條例第5條第2款的利用職務上機會詐取財物之共同正犯，已違反憲法第52條總統刑事豁免權之規定，迭有指摘，甚至有法院院長及庭長撰文公開表示起訴違憲之意見，顯示此一問題乃我國憲政秩序之重大爭議，乃大是大非之憲政問題，惟有 貴院大法官之憲法權威，方能弭平爭議，為我國自由民主憲政秩序奠定穩定發展之基礎。
十、再者，立法院於2006年1月13日修正通過法院組織法時，新增第63條之1第1項第1款，於最高法院檢察署設特別偵查組，職司涉及總統、副總統、五院院長、部會首長或上將階級軍職人員之貪瀆案件。其中有關最高法院檢察署設特別偵查組得偵查現任總統貪瀆案件部分，是否牴觸憲法第52條之規定？此外，特別偵查組依同條第1項第2款職司選務機關、政黨或候選人於總統、副總統或立法委員選舉時，涉嫌全國性舞弊事件或妨害選舉之案件，其得偵查之「候選人」依文義包括競選連任之現任總統在內，與憲法第52條規定及 貴院釋字第388號解釋是否牴觸，亦有所疑義，爰有聲請 貴院審查法院組織法第63條之1第1項第1款與第2款有關偵查現任總統部分，是否牴觸憲法第52條規定之必要。
十一、另查刑事訴訟法第176條之1規定：「除法律另有規定外，不問何人，於他人之案件，有為證人之義務。」基於憲法第52條保障總統職權、地位與尊榮規定之意旨，現任總統在偵查與審判階段皆不能被傳喚作證。因此，刑事訴訟法第176條之1規定未對現任總統為除外規定，有違憲法第52條規定之意旨。或應依「合憲法律解釋原則」，將憲法第52條「不受刑事上訴究」之規定，解釋為刑事訴訟法第176條之1規定所稱之「法律另有規定」，現任總統在偵查與審判階段皆不能被傳喚作證。
十二、最後，台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書95年偵字第23708號案（亦即所謂國務機要費乙案）已由台灣台北地方法院審理（北院錦刑團95矚重訴4字）。惟憲法第52條總統刑事豁免權之保障範圍，實為台灣台北地方法院審理該案應審酌之先決問題。為維持憲法秩序之一體性，避免法院具體個案審理程序與 貴院憲法解釋產生程序錯綜複雜與矛盾之結果，並保護司法免於陷入政治漩渦，故一併聲請 貴院依職權為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案之訴訟程序，俟 貴院大法官闡明憲法第52條保障之範圍後，由 貴院依大法官審理案件法第17條第2項諭知有關機關執行之方法。尤其台灣台北地方法院審理前揭國務機要費案，業已於2007年1月19日發函總統（附件二：北院錦刑團95矚重訴4字第0960001154號函），要求總統「請查如說明三所示之事項，並請以最速件方式於民國96年1月22日中午12時前，將相關文件送院核辦」等語，並載明「…（總統）應依期覆知本院，否則屆期不得再行主張本案有任何國家機密保護法之適用。若事後再以其他事由爭執，即有刑法第138條隱匿公務員職務上掌管文書及物品罪嫌，而應併由檢察官依法追訴。」此一函文內容違憲明顯重大。且依據該函內容，該院將逕行認定有關6項機密外交工作之卷宗於2007年1月23日開放閱卷，此對於總統之憲法職權以及國家安全與機密外交資訊之洩漏，將造成不可回復之重大損害，具有事實上之急迫性，故有聲請 貴院為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案訴訟程序之必要性，並廢棄台灣台北地方法院開放閱卷之裁定，以保障憲法賦予總統之職權及維護憲法權力分立原則，並防範6項機密外交工作資訊一旦洩漏，將造成國家安全與機密外交不可回復之傷害。
參、聲請釋憲之理由及對本案所持之立場與見解
我國憲法第52條規定：「總統除犯內亂或外患罪外，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究。」是為總統之「刑事豁免權」、「免訴權或免責權」（immunity；Immunität；immunité；irrésponsabilité）。關於該條總統刑事豁免權所保障之範圍（即所謂「不受刑事上之訴究」之射程範圍），應由該條規定蘊含之憲政意旨、規範目的與保護法益加以分析（客觀目的解釋），並依循憲法權力分立及民主原理等基本原則加以解釋（憲法一體性解釋原則）。聲請人對該條規定之意旨與保護範圍，所持之立場與見解如下：
一、憲法第52條憲政意旨與規範目的，在於避免妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能，應作最廣義之理解：
查 貴院釋字第388號解釋理由書已簡要闡述憲法第52條規定之意旨，「係憲法基於總統為國家元首，對內肩負統率全國陸海空軍，依法公布法律、任免文武官員等重要職責，對外代表中華民國之特殊身分所為之尊崇與保障。藉以確保其職權之行使，並維護政局之安定，以及對外關係之正常發展，…。」換言之，在本條規定保障下，刑事法阻遏與處罰犯罪之目的，本來就必須因保障總統之職務與地位而有所退讓。
茲參照 貴院釋字第388號解釋理由書，將憲法第52條規定之憲政意旨與規範目的，進一步闡述申論如下：
憲法第52條規定之意旨，首先在於避免妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能，一方面總統為國家元首，對內肩負統率全國陸海空軍、依法公布法律、任免文武官員等重要職責，為全國政治領袖；對外則代表國家，表示國家意志（如對外宣戰媾和、締結條約或接受外使呈遞到任國書），地位崇隆，其尊嚴自應受憲法高度保障。另一方面，我國經歷次修憲後，不論學理上將現行中央政府體制定性為半總統制或傾向總統制之雙首長制等，總統皆具有行政首長之地位，擁有國家大政方針之政策制定、指揮與執行權。不論總統擔任國家元首或行政首長，其職權、地位與功能都應該受到憲法之保障。
鑒於總統憲政地位之重要性，所謂「避免妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能」之規範目的，應作最廣義的理解：不僅包括現實上或客觀上使總統完全不能行使職權之情形，如逮捕、拘提、羈押等有關人身自由之強制處分，亦包括各種造成總統行使職權之事實上干擾或妨礙，如傳喚、訊問、限制出境、搜索、扣押等。進一步言，法律責任追究本身，對於總統行使職務可能造成瞻前顧後之影響，以致減損其作成決策之自由空間，以及開啟刑事偵查與審判程序對於現任總統之「尊崇」與人民政治信任之不利影響，甚至偵查或審判程序本身對總統所造成之身心壓力，使其無法專心致力於國政，都應屬於「妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能」。
貴院釋字第388號解釋認為，憲法第52條規定之目的包括「（國家元首）特殊身分所為之尊崇與保障」。由貴院使用「尊崇與保障」一詞，對憲法第52條之規範目的亦顯採廣義解釋，不限於「使總統完全不能行使職權」或「實際妨礙總統行使職權」之情形，而包括各種可能影響現任總統「尊崇」之「刑事上之訴究」在內，例如影響「總統代表國家」之象徵地位、總統職務上之尊嚴與人民之政治信任等等。簡言之，憲法第52條規定不僅保障總統實際上行使職權應有最大的政治判斷空間和自由度，也包括名譽、信任、尊崇等國家元首象徵地位之保障。
再從該條規定所保障之法益而言，貴院釋字第388號解釋認為本條所保障之法益包括「確保（總統）職權之行使，並維護政局之安定，以及對外關係之正常發展」，由此亦可知 貴院認為本條係為保障國家與國民整體之利益而設。其中 貴院使用「維護政局之安定，以及對外關係之正常發展」等語，顯然可知本條規範目的不限於防範「使總統完全不能行使職權」或「實際妨礙總統行使職權」之情形，即使尚未直接妨礙或干預總統行使職權，但是會導致國內政局之不安定，或是影響國家對外關係之正常發展，亦都在本條預防與保護之目的範圍之內。
另由本條所設例外得訴究之罪名觀之，必須現任總統觸犯「內亂罪」或「外患罪」，現任總統才不受本條之保護。換言之，只有在涉及「內亂罪」或「外患罪」，使國家存續或國家安全等重大法益受到侵害，以致於賦予總統豁免權以保障國家與國民整體利益之規範目的顯然不能達成時，現任總統才不受本條之保護。因此，本條「避免妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能」之規範目的，應作最廣義的理解。
從比較憲法的觀點，亦有值得參考之處。美國憲法並未明文規定總統享有豁免權，但依據美國司法部1973年9月24日及2000年10月16日兩度發布之正式公文（附件四），都確認依據美國憲法權力分立之精神及賦予總統之角色，美國總統享有刑事豁免權。美國司法部認定總統享有刑事豁免權，最主要之理由在於「對於現任總統進行任何種類之追訴，都將會違憲地損害行政部門履行憲法賦予其職責之能力。」（The indictment or criminal prosecution of a sitting President would unconstitutionally undermine the capacity of the executive branch to perform its constitutionally assigned functions.） 以及「總統是國家的象徵元首。刑事程序對總統之傷害將會損及政府整體機制之運作，包括外交及內政事務。」（The President is the symbolic head of the Nation. To wound him by a criminal proceeding is to hamstring the operation of the whole governmental apparatus, both in foreign and domestic affairs.）
此外，美國聯邦最高法院在1982年Nixon vs. Fitzgerald案 ，肯定Nixon總統在卸任後，對其任期中所為之職務行為（official acts），所引起之民事損害，享有絕對免於賠償責任之豁免權。由Powell大法官所主筆之多數意見首先說明，雖然美國憲法就總統豁免權並未如同對國會議員之免責權一樣有明文規定，惟「特定之法文基礎從來即未被認為係承認豁免權之前提要件」 。在此基礎上，多數意見認為，總統就其任內之職務上行為所引起之民事損害，享有絕對免於賠償責任之豁免權。此種「絕對豁免權」係當然附隨在總統此一憲法職位之上，且可謂係根源於權力分立之憲法傳統 。承認此種豁免權最為關鍵之理由，在於避免總統於履行其重要之憲法職務時，因擔心日後遭受民事求償而過度畏縮拘謹，以致減損其作出最佳決定之空間與能力。且美國聯邦最高法院避免對本案所稱之職務行為（official acts）作出狹隘的明確界定，而僅強調基於總統在憲法上之獨特功能，必須將其絕對豁免權延伸至「其職務責任之外緣」(within the “outer perimeter” of his official responsibility)，採取擴大承認其範圍之基本立場。
此外，法國第五共和憲法第68條規定：「共和國總統在其任內除叛國罪外享有免責權。訴究時，須經國會兩院採用公開投票方式，經兩院議員總額之絕對多數同意時，始能移送最高司法院（Haute Cour de Justice）審理。 」該條所謂最高司法院（Haute Cour de Justice） ，依憲法第67條規定，係由國民議會及參議院選出同額之委員組成。法國最高法院（Cour de cassation）於2001年10月10日所謂「關於總統刑事責任之判決（Responsabilité pénale du Président de la république）」（全院大審判庭第481號） 即明白指出：「共和國總統於其任內無論任何犯行，皆不能在普通法的刑事司法程序中，擔任輔助證人，以及被起訴、被傳訊或被移送法院。刑事訴訟法第101條所規定出庭擔任證人之義務並不適用於總統，因為此項作證之義務根據刑事訴訟法第109條具有強制性質，並能動用公權力執行且處以刑事罰則。然而，最高司法院僅能審理總統於執行職務時所犯之叛國罪，因此對總統於叛國罪外之犯行無法依照普通法的刑事司法程序加以訴究，法定追訴期限因此順延。 」顯然對總統豁免權也採廣義之見解。
如前所述， 貴院作成釋字第388號解釋時，對於憲法第52條之意旨已採廣義之理解。惟查釋字第388號解釋公布時，我國總統尚非由人民直接選舉。如今總統是唯一由全國人民直接選舉之單一政治職務，總統一職，實具有代表國民主權之功能。倘若現任總統必須接受檢察官偵查及由職業法官所組成之法院審判或傳喚作證，將嚴重違反國民主權原理。
再參考法國對總統豁免權之見解，2002年7月4日席哈克總統頒令，設立了一個由憲法學家艾弗希爾（Avril）教授所主持之專案委員會，負責研究國家元首之刑事地位問題。該委員會經5個月之比較研究後所提結案報告 （附件五）再度重申國家元首「不受侵犯」（inviolabilité）之原則，以及總統職位受保障之必要性；強調總統於任期內享有絕對豁免權，因此總統於任期中之職務行為，不受刑事、民事及行政責任之訴追 。
艾弗希爾委員會結案報告中特別指出總統職位之保障，是為了要避免「司法邏輯」與「政治邏輯」兩者產生混淆 。總統之去職與否是政治選項，不是司法選項。當最高司法院在審理總統去職與否時，是將總統之去留作為解答政治責任的選項，其目的並不是要將總統定罪；這一部分是屬於單純的「政治邏輯」，所以讓政治力來處理才合宜；也正因為最高司法院是由國會議員互選出之代表所組成，並不具有法院之性質，所以訴究總統之刑事責任必須等到其去職之後，才啟動一般司法程序，開放讓具有司法管轄權之機關介入，這是屬於「司法邏輯」，所以用司法制度解決才適當。即便最初可能是因為總統的刑事責任問題啟動了最高司法院的審理機制，可是一旦進入了此一由人民代表所組成之審理機制時，這個刑事責任立刻產生質變，頓時轉換成了政治責任 。所以我們認為最高司法院其實是一個非常設性之總統政治責任考核機關。艾弗希爾委員會稱此憲政設計為法國憲政之「安全閥」（soupape de sûreté） ，目的在於讓國家處於安定穩健之軌道上持續運作，讓看似簡單之權力分立（séparation des pouvoirs）原則受到完整的保障，讓政治歸政治、司法歸司法。
此外，法國憲法第68條之設計是讓代表全民意志的最高司法院（Haute Cour de Justice）投票決定由全民所選出的總統之去職與否，這呼應了法國憲法第3條「國家主權屬於人民，由民意代表及公民投票方式行使之」規定。更清楚地說，只有由國會所代表之「人民主權」才有資格決定由「全民意志」所選出的總統去職與否 ，亦即「人民主權」才具有同等之憲法高度來安排「國家主權」的更新或延續（總統去職重選或是留任）、「人民主權」才能決定「國家主權」之政治責任歸屬（總統必須負責或不用負責），畢竟人民主權行使之神聖性不是由少數幾位司法官就能夠越俎代庖。
二、憲法第52條「不受刑事上之訴究」，應包括從偵查、起訴到審判階段，法務部轄下台灣高等法院檢察署查緝黑金中心檢察官就總統「國務機要費」使用問題，於2006年6月29日分案偵查，傳喚及訊問總統，並向總統要求取得有關資料、文件，均屬違憲：
1.我國憲法學者通說見解
有關憲法52條總統刑事豁免權範圍之解釋，憲法學者林紀東教授認為：所謂刑事上之訴究，指檢察官對犯罪嫌疑者之偵查訊問…」 。薩孟武教授則主張，所謂刑事上之訴究，…指檢察官對犯罪嫌疑者之偵查訊問 。
2.我國刑事訴訟法學者通說見解
其次，自刑事訴訟法層次而論，我國刑事訴訟法所規定者，不僅限於狹義之刑事訴訟程序，起訴前階段之偵查、強制處分、判決確定後之執行乃至於保安處分等，俱規定於刑事訴訟法之中。因此，憲法上所謂「刑事上之訴究」之理解，本應契合刑事訴訟法之範圍。查蔡墩銘 、褚劍鴻 、林山田 、黃朝義 、林俊益 、林國賢與李春福 等學者之著作，均將憲法第52條作為「刑事訴訟法對人效力之界限」。要之，刑法雖適用於在位時之總統，總統並無犯法之特權。惟刑事訴訟法不適用於在位之總統（除犯內亂、外患罪時），因此檢察官對於總統並無依刑事訴訟法為偵查、起訴、不起訴處分之權力。
3.法務部與高檢署共同意見
法務部85年檢（二）字第2181號函亦認為「若有人對總統提出刑事告訴，檢察官對此類案件應以依憲法一時無法進行偵查為理由，由內部暫時報結，俟總統卸任後，再行分案偵辦。」（附件六：法務部公報第199期56頁至57頁），可一併參照。
4.由憲法第52條之目的解釋
就憲法第52條所定「不受刑事上之訴究」之射程範圍，究應最狹義地限定於「起訴、審判」，抑或應擴及於「刑事訴訟法上所定之一切偵查行為」，必須由憲法第52條所欲保護之目的與憲政價值出發進行根本性思考，兼由憲法所建構之憲政秩序加以體系性觀照，較能獲致一個具功能性而不致流於形式(functional, not formalistic)之結論。
如前所述，鑒於總統憲政地位之重要性，憲法第52條「避免妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能」之規範目的，應作最廣義之理解：不僅包括現實上或客觀上使總統完全不能行使職權之情形，如逮捕、拘提、羈押等有關人身自由之強制處分，亦包括各種造成總統行使職權之事實上干擾或妨礙，如傳喚、訊問、限制出境、搜索、扣押等。進一步言，法律責任追究本身對於總統行使職務可能造成瞻前顧後之影響，以致減損其作成決策之自由空間，以及開啟刑事偵查與審判程序對於現任總統之「尊崇」與人民政治信任之不利影響，甚至偵查或審判程序本身對總統所造成之身心壓力，使其無法專心致力於國政，都應屬於「妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能」。檢察官對總統進行偵查，不論有無使用強制處分權力，都已經產生對於現任總統之「尊崇」與人民政治信任之不利影響，進而影響到總統此一職務所代表之國家利益。
偵查目的在於起訴，倘若偵查結果既不能起訴，又不能為不起訴處分，此一偵查將成為無目的之偵查。以法務部85年檢（二）字第2181號函所涉及之法律問題為例，檢察官已經偵查總統，認為總統並未涉及犯罪，卻只能簽結，不能為不起訴處分。換言之，俟總統卸任後，還要再行分案偵辦一次。此等於使總統陷入雙重追訴之危險（Double jeopardy），與正當法律程序顯然有違。
倘若檢察官依偵查結果起訴其他共犯，但於起訴書中述及總統犯罪事實，對現任總統於任期中又不能進行公平審判，等於僅憑檢察官一方之指控，就將使總統陷入犯罪疑雲中，對現任總統於所餘任期中之職權、地位、尊榮、功能所造成之嚴重傷害，將更大於起訴總統進行審判，顯然更加嚴重地違反憲法第52條之意旨，與 貴院釋字第388號解釋理由書所稱「確保（總統）職權之行使，並維護政局之安定，以及對外關係之正常發展」之目的，完全背道而馳。
若誤解憲法第52條規定只是檢察官不能起訴總統，但仍可以依刑事訴訟法進行偵查，顯將使檢察官這個「客觀中立的官署」捲入政治風暴之核心。詳言之，檢察官對於民選總統進行偵查，必受社會輿論之高度關注，並受各種不同政治勢力之解讀，縱令檢察官個人如何致力於中立客觀，都勢必逃離不了各種政治議論。
更何況審判程序中，檢察官與被告立於對等地位，尚認為可能損及總統職權與國家利益，則偵查程序中，檢察官與被告係立於不對等地位，賦予檢察官得偵查總統之權限，特別是總統職務上之行為，更可能損及總統職權與國家利益。
目前就憲法第52條採取僅禁止「起訴、審判」、不禁止偵查行為的最限縮立場之論者，其所持之理由係「及時保全證據之必要性」。此一「及時保全證據之必要性」，為刑事訴訟層次之目的，是否足以成為憲法層次保障之目的及法益，已有可疑，與憲法第52條規定所要保障之目的與法益，顯然難以相提並論。
5.由總統「國務機要費」之性質而論，檢察官偵查總統有關國務機要費之使用方式，更屬侵害總統憲法權限核心之行為，嚴重違反憲法第52條之規定：
查本案涉及者，為總統使用「國務機要費」之問題。相較於追究總統其他行為是否構成犯罪，此問題在憲政上更具有特殊性。
按國務機要費之法定科目名稱為「國務機要」。「國務」為政事別中之分類，「國務支出」指「凡總統依據憲法或其他法律行使職權所需之各項支出均屬之」。「機要」為用途別第二級科目，定義為「凡各機關因應執行業務需要，並核定有案之機要費屬之。」依主計處之說明：「綜觀國務機要費之預算編列沿革及其支用內容，該項經費係供國家元首行使職權相關必要費用，預算科目歷年雖略有更迭，但就計畫的實質內涵而言，具有特別費、機密費與機要費之綜合性質。長久以來，慣例上都將國務機要部分經費視同特別費處理，此可由總統府未另編列總統特別費得到佐證。」（附件七：行政院主計處對國務機要費及特別費制度之沿革及改進報告。2006年11月29日）
國務機要費係經國會預算審議通過，賦予總統行使職權所需之經費，其使用專屬於總統之職權。因此，倘若檢察官偵查總統國務機要費之詳細使用方式，即必然會干預總統職權行使之核心領域。在民主憲政體制下，國會乃透過全民普選所產生，代表人民過問監督政府財政運作乃國會之主要職責。在國會擁有預算審議權之前提下，「國務機要費」都與其他一般預算科目詳列特定用途者不同，以保持總統預算執行和使用之彈性。換言之，為了讓國務機要費能適合於總統職務之廣泛政治功能，國會在事前之財政監督上採取寬鬆授權之方式為之。
倘若容許不具民意基礎的檢察官得隨時主動介入偵查，並要求現任總統向其舉證證明各項經費之用途者，則對總統職權之政治判斷自由度勢必產生嚴重影響，而這種干預影響現任總統職權之情況，正是憲法第52條對刑事司法設下之限制。
正由於「國務機要費」之使用本質上具有彈性，因此過去審計部都以尊重總統之理由，避免鉅細靡遺之過度監督。依據主計處之報告（附件七）：「國務機要費自民國40年初執行以來，依慣例向有約半數經費（屬於機密費部分）係以領據報支，相關憑證均由總統府自行保管，僅以總統府秘書長名義，出具總領據送審計部核銷。」「迨民國86年，審計部認為國務機要費之經費核銷方式，雖係依往例辦理，但仍宜依審計法之規定，報經審計部同意，俾有所憑據。嗣該部與總統府討論達成共識，基於其性質特殊，由總統府依審計法第44條規定，函徵審計部同意以領據結報，憑證由該府妥為保管，以備查核。民國92年總統府為使國務機要費執行作業有所依循，復訂定「國務機要經費支用程序作業規定」，並副知審計部。」
質言之，「尊重總統」乃憲法之要求，絕非黨國一體便宜行事之作法。在2000年政黨輪替後，對於「國務機要費」之使用，仍應本於尊重總統職權之憲政精神處理。在相關年度決算審核報告都已由立法院審議後，檢察官卻可以無視於憲法第52條「尊重現任總統職位」之誡命，濫用偵查權，要求現任總統在任期中向檢察官報告過去數年國務機要費之用途，甚至形同課予總統「自證無罪」之義務，倘若無法證明其確切用途，就「推定」構成貪污？
「國務機要費」之使用授權，是經過人民直選賦予總統政治職責，與立法院通過預算兩重授權方式。當然，對國家元首職位之信任、尊重與授權，必然伴隨著風險，惟此種風險在憲法框架下仍屬於國會監督與控制之合理範圍，包括對於預算額度之控制，對決算審核報告之審查，國會調查權與對總統之彈劾權等。總而言之，由具有民主正當性之國會來控制過問政府之財政運作始符合財政民主原則。
反之，倘若容許檢察官或法官對於在任之總統，使用刑事司法，在其任期內來監督總統有關國務機要費之使用，終將難逃「司法政治化」與「政治司法化」之惡果：若非誘使司法成為對現任總統進行政治鬥爭之方便工具，提高檢察體系捲入政治之動力與誘因，就是讓政治鬥爭躲在偽裝中立之司法背後，以人民喪失對司法之公信力作為代價。
總而言之，由權力分立追求「最適功能分配」之立場而論，普通刑事司法體系在功能上既不適合使用刑事責任，來監督現任總統國務機要費之使用方式，更不適合決定現任總統是否去職之問題。
三、現任總統在偵查與審判階段皆不能為被告，更不能在起訴書中形式上未起訴現任總統，卻將總統列名為共同正犯，台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書95年偵字第23708號之起訴行為，以及台灣台北地方法院之審判行為（北院錦刑團95矚重訴字第4號貪污等案），均屬違憲行為：
1.基於憲法第52條之意旨，絕不應任由檢察官在其起訴書中公開指名總統為「未經起訴之正犯」。蓋此項作為實已根本地損害了「對現任總統不得進行刑事訴究」所欲維護之核心憲政價值，其所造成之傷害，將更遠甚於「直接起訴總統」。
2.任何刑事案件所認定之真實，當不能以檢察官起訴書或不起訴處分書片面認定，而是必須經法院審理與辯論之正當法律程序，否則直接審理主義、言詞辯論主義等刑事訴訟基本原則都破壞無遺。若檢察官在起訴書中形式上未起訴現任總統，卻將總統列名為共同正犯，法院之審理如何兼顧正當法律程序與憲法第52條之意旨，就成為無解的難題。
3.由於總統在刑事訴訟程序上並非居於被告地位，被告依刑事訴訟正當程序所享有之保障（如辯護權、緘默權、詰問權等），總統並不能享有。反而總統在刑事訴訟程序上為證人，負有作證義務，將受到檢察官之詰問，且受到偽證罪之規範。結果總統實質上為本案之共同被告，程序上卻不能主張被告之防禦權，其地位更劣於被告，這種情形顯然使總統比「受刑事上訴究」還更欠缺程序保障，嚴重違反憲法第52條之意旨。美國2000年美國司法部檢察總長備忘錄，即形容這種事實上被起訴而無法受審判之情形，等於總統陷入「俄羅斯輪盤」之死亡遊戲。（Given the realities of modern politics and mass media, and the delicacy of the political relationships which surround the Presidency both foreign and domestic, there would be a Russian roulette aspect to the course of indicting the President but postponing trial, hoping in the meantime that the power to govern could survive. MEMORANDUM FOR THE ATTORNEY GENERAL October 16,2000）。
4.對總統「個人」而言，其如欲獲得任何一般刑事被告均應享有之「儘速接受審判」(Right to A Speedy Trial)之正當法律程序保障，在不容許總統拋棄其刑事豁免權之憲政秩序下，僅有主動辭職下台一途。如此之運作機制，無異於在實際效果上，徹底地空洞化憲法所設置之彈劾機制，使全國任何一位「個別的檢察官」均得僭越憲法所原欲專屬地保留「由立法機關『集體地』發動、由憲法法庭『合議地』審理」之權力，根本地破壞憲法所建立之「總統因法律責任去職所應遵循的憲法程序」。在此情形下，被列名為「未經起訴正犯」之總統，將陷入「憲法上無可容忍之兩難」(constitutionally intolerable dilemma)──「繼續忍受犯罪標籤之烏雲罩頂」抑或「任由檢察官僭越憲法設置之彈劾機制而自行去職」 。
5.對總統「職位」而言，上開所述籠罩於被指名為「尚未起訴正犯」之總統頭上的「犯罪標籤」，由於無法在總統任期屆滿前依正常之司法程序予以除去，將對總統有效地執行其在憲法下所擔任之職責、充分地履行其在憲法下所肩負之義務，造成「憲法上無法克服之障礙」(constitutionally insurmountable obstacles)，在此情形下完全無法期待總統得以扮演其作為「國家元首」憲法機關之角色 ，而此正係憲法第52條禁止對現任總統進行刑事訴追規定所欲保護之核心憲政價值。
6.2006年11月3日台灣台北地方法院檢察署檢察官以95年偵字第23708號起訴書（附件一，以下稱本案為國務機要費案），將總統夫人吳淑珍等人以共同貪污及偽造文書罪嫌提起公訴(於犯罪事實欄一、二最末段以括弧方式記載：此部分總統陳水扁先生所涉貪污及偽造文書罪嫌因受憲法第52條之保障，俟其經罷免或解職後再行訴究等語)；且於「證據並所犯法條」欄第肆點載入「核被告等所為，被告吳淑珍係犯刑法第216條、第210條、第214條之偽造文書罪嫌與貪污治罪條例第5條第1項第2款之公務員利用職務上之機會詐取財物罪嫌，被告吳淑珍雖未具公務員身分，然其與具有公務員身分之人共同實施犯罪，請依刑法第31條第1項論以共犯」。此種行為將犯罪標籤貼在現任總統身上，已嚴重違反憲法第52條之意旨。檢察官依刑法第31條，於總統任期內先起訴不具總統身分之總統夫人吳淑珍，起訴書所列之犯罪事實卻是總統夫人吳淑珍利用「總統之職務」詐取財物，不也形同是形式上規避憲法第52條之脫法行為與政治行為？起訴之「形式法律效力」似乎不及於陳總統（刑事訴訟法第266條），但起訴書以國家公文書將現任總統列為共同正犯，審理之犯罪事實涉及現任總統行使職務，起訴之「政治效力」與「實質法律效力」事實上已及於現任總統。所謂總統沒有受到刑事上訴究之辯解，已嚴重悖離事實。2006年11月3日台灣台北地方法院檢察署檢察官以95年偵字第23708號起訴書之起訴行為，顯屬違憲無效。
7.台灣台北地方法院對此違憲之起訴，本應依據刑事訴訟法第303條第1項第1款規定：「起訴之程序違背規定者」，諭知不受理之判決，始符合憲法第52條規定。然而台灣台北地方法院卻就國務機要費案進行準備程序，卻以不附理由口頭裁定之方式，恣意認定本案無違憲問題。台灣台北地方法院之審判行為（北院錦刑團95矚重訴字第4號貪污等案），亦應屬違憲無效之行為。
四、總統不得拋棄憲法賦予之刑事豁免權，法務部轄下台灣高等法院檢察署查緝黑金中心檢察官之偵查，台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書95年偵字第23708號案之起訴，台灣台北地方法院之審判（北院錦刑團95矚重訴字第4號貪污等案）均屬違憲行為，不因總統曾受訊問而有所影響：
憲法第52條規定之總統刑事豁免權，係憲法基於總統為國家元首，對內肩負統率全國陸海空軍、依法公布法律、任免文武官員等重要職責，對外代表國家之特殊身分所為之尊崇與保障。藉以確保其職權之行使，並維護政局之安定，以及對外關係之正常發展 。所以此項豁免權乃針對總統職位而設，而非針對其個人之保障。其正當性的考量即在於作為國家元首之如此重要憲法機關之「功能運作（Funktionsfähigkeit）」以及「尊嚴（Ansehen）」之上 。用以避免來自於其他行政權或司法權對其自由之剝奪，或者避免藉由過度而恣意的刑事程序而阻撓其權利義務之合憲運作 。
由於此一刑事豁免權之意旨在於保護國家利益（即「維護政局之安定，以及對外關係之正常發展」），具有濃厚公益性格，並非旨在保護總統個人，故而總統個人因居此職位僅有反射之豁免利益。刑事豁免權既非O障總統個人利益，而是保障國家利益，如同憲法第36條規定總統率全國陸海空軍，或憲法第41條規定總統依法任免文武官員。這些總統職位上權能，總統不能私自「下放」或「拋棄」，在法理上自無援引基本權拋棄（Grundrechtsverzicht）理論之餘地。申言之，基本權拋棄屬於自由權行使之態樣，一個有效基本權拋棄之前提為基本權人具有處分權限。當基本權之作用並非主要保障個人利益，而是保障一般公益時，個人對於基本權並無處分權限。而憲法賦予總統之刑事豁免權更非基本權，基此，總統之刑事豁免權既非總統個人之保護，而係著眼於機關運作之公共利益確保，因此無援引基本權行使拋棄之餘地。
參考前述法國艾弗希爾委員會之意見，亦認為總統豁免權，特別是總統不受侵犯此一部分，是為了要保障此項職務功能之充分發揮，所以豁免權並不是憲法給予個人之保障（personnelle），而是針對職位之保障（fonctionnelle），因此關係人不存在放棄此項保障之可能性 。 這項豁免權之保障也等於是總統之憲法責任，無法跟總統職務分割，亦即無法由總統個人之意志決定要或不要。
因此，總統雖然基於對檢察官之禮讓與尊重，曾接受檢察官之訊問，但並未明白表示拋棄憲法第52條規定之總統刑事豁免權，縱使總統有拋棄之意思表示，在憲法上亦屬無效 ，法務部轄下台灣高等法院檢察署查緝黑金中心檢察官之偵查，台灣台北地方法院檢察署檢察官起訴書95年偵字第23708號案之起訴，台灣台北地方法院之審判（北院錦刑團95矚重訴字第4號貪污等案）均屬違憲行為，不因總統曾因禮讓司法接受訊問而有所影響。
五、現任總統是否負有證據或文書提出義務，應依「首長特權（行政特權）」（Executive Privilege）理論個案具體衡量，若基於國家安全或外交機密之考量，總統得主張「國家機密特權」（State Secrets Privilege） ，現任總統只要提出揭示該資訊之危險具有合理性，即不負有證據或文書提出義務：
1.總統在司法程序(judicial process)中應得主張「拒絕提出特定證物（或文書）」之特權 (privilege)，就此特權可稱為「首長特權（行政特權）」(Executive Privilege)。首長特權並非僅係證據法層次之秘匿特權，而是具有「憲法位階之基礎」(constitutional basis)，不僅對於使總統得以充分履行其憲法職責，具有高度之重要性與必要性，就憲法權力分立原則之貫徹，亦具有積極之意義。貴院釋字第585號解釋亦基於憲法權力分立原理，承認行政特權理論在我國憲法亦有憲法位階之基礎。誠如美國聯邦最高法院在United States vs. Nixon案所指出：「此種特權對政府運作具有根本重要性且係深深地根源於憲法下之權力分立」 。
2.按在權力分立原則下，行政權與司法權各自肩負不同之憲法職責並實踐特定之憲法價值，當此等憲法職責、價值出現相衝突之情形時，彼此間應如何加以調和，即成為重要而困難之問題。在刑事審判程序之脈絡中，刑事司法正義之實踐固然係法院作為憲法機關所責無旁貸之使命，惟其並非絕對、唯一的憲法價值，亦非為此價值之實踐可以犧牲其他所有之價值。準此，即使在不涉及總統個人而係純以他人為刑事被告之審判程序中，法院在面對命總統提出特定證據之聲請時，必須將「命令總統提出特定證據對於實踐刑事司法正義的助益」與「命令提出該證據對其他憲法價值所造成之傷害犧牲」相權衡，方得進一步作出是否命提出之決定。質言之，此種判斷要求法院必須在具體案件中進行憲法利益之權衡(ad hoc balancing of constitutional interests)，將該特定證物對系爭案件之必要性、該證物本身之性質、提出該證物對總統履行其憲法職責所造成之障礙等因素，綜合地納入考慮。不可否認者，採取個案具體衡量之方式，難以避免地具有不易操作且預測困難之缺點，惟此原即法院於判斷是否命第三人提出證物時在本質上所將遭遇之共通問題，並不足以構成否定此種「個案具體衡量」操作方式之理由。退一步言之，即便因為涉及總統以及相衝突之憲法價值，使得法院進行此種權衡作業變得更加地困難與複雜，亦屬法院所無可迴避而必須面對之負擔，蓋法院命提出證物之對象係國家元首此事本身，原即為一個特殊罕見而有必要予以謹慎處理之問題脈絡。
3.儘管如此，美國法就此問題所已建構之規範模式與操作方法，足供作為我國法解釋之參酌，而其中最具代表性之案例，即為美國聯邦最高法院於1974年針對United States v. Nixon案所作成之判決。在該判決中，美國聯邦最高法院針對總統所被命提出之證物屬性，進行類型區分而賦與程度不同之保護。首先，就涉及「軍事、外交或敏感之國家安全機密」(military, diplomatic, or sensitive national security secrets)，聯邦最高法院表示並不適用一般之個案具體權衡操作模式，而有必要給予此類資訊特別之保護 。質言之，縱使檢察官證明在系爭案件中有利用此類證物之需求，亦不足以突破總統得拒絕提出此類證物之特權保護。總統就此類資訊所得主張者，為「國家機密特權」（State Secrets Privilege），並非僅係一般的「相對特權」(qualified privilege)，而係「絕對特權」(absolute privilege)，蓋繼續維持此類資訊秘密性所具有之公共利益，已遠遠地超越命揭露此項資訊在系爭個案中所得獲致之利益，從而無需再由法院進行任何的個案利益權衡 。上開之價值判斷與基本原則，實早寓於聯邦最高法院在本案前所作成之其他判決之中 ，在本案判決後更繼續地被下級法院所遵循。其次，在不涉及軍事、外交或敏感的國家安全機密情形下，對於法院命令提出的證物，如果該證物將揭露總統認為有必要保持秘密的事項，或涉及與政策決定、形成有關的討論、溝通等資訊，則該證物在原則上即推定為總統得拒絕提出(presumptively privileged)；此拒絕提出之特權乃係「相對特權」，得透過檢察官證明其有特別需求該證物之必要，以突破此種相對特權之保護。所謂「特別需求該證物之必要」係指該證物必須與系爭案件密切相關而為在該案件中實現刑事司法正義所不可或缺，同時無法經由其他途徑取得時，始足當之。同時，受此相對特權保護之資訊，並不限於總統個人親自參與討論之對話溝通，即使係總統幕僚間之對話溝通，只要是在為總統提供建議意見之討論、準備過程中所為，亦包括在內 。
4.值得再度特別強調者，美國聯邦最高法院就總統之首長特權所建構之上開規範模式，均係在其聯邦憲法並無明文規範之情形下，奠基於權力分立之原則以及總統作為國家元首之特殊地位，透過憲法解釋之方式所為。準此，我國憲法第52條所定之「豁免權」，縱使在文義上認為不包括在此討論之「首長特權」，亦無礙於由我國憲法下之權力分立原則，推導出相同之解釋。貴院在釋字第585號解釋中，即已採取此一立場。
5.在前述United States v. Nixon案之前，美國聯邦最高法院於1953年United States v. Reynolds 案不僅確立了「國家機密特權」（State Secrets Privilege）之絕對性，並表示了基本處理原則，如果存在「合理危險」(reasonable danger)強制該證據開示將洩露在國家安全利益下所不應揭示之機密，法院即應判定該國家機密特權之主張正當，而不應堅持欲親自審查該機密內容（即使由法官單獨秘密審查亦然），否則將危及此特權原欲保護之機密安全。1978年聯邦地區法院在Halkin v. Helm 一案中，並援引聯邦最高法院1953年United States v. Reynolds案及1974年United States v. Nixon案之判旨，認為應該給予「國家機密特權」（State Secrets Privilege）最大程度之尊重（utmost deference） 。
6.按台灣台北地方法院曾分別於2006年10月24日來函致總統府秘書長（附件八）及2007年1月3日來函致總統府（附件九），要求提出相關文件資料，總統府均基於尊重憲政體制，避免侵犯總統專屬權限及尊重總統依憲法保障之「國家機密特權」（State Secrets Privilege），表示無從回覆（附件十、十一）。台灣台北地方法院再於2007年1月12日傳喚總統府秘書長陳唐山、第二局局長余新明、第二局第三科科長吳倩萍、政風處處長謝建財、政風處一科科長蕭益倉等五名官員於2007年1月19日上午9時30分出庭作證，傳票所載待證事由均為「請務必攜帶曾經經辦依國家機密保護法核定為國家機密相關流程之文件資料到院」（附件十二），總統府秘書長陳唐山基於尊重總統及憲政體制，考量「國家機密特權」(State Secrets Privilege)屬於憲法位階，其範圍並非以國家機密保護法核定為機密者為限，表示無從回覆。本案傳票所載待證事由是「曾經經辦國家機密保護法核定為國家機密相關流程之文件資料」，然而總統行使外交、軍事、國家安全等職權，具有高度政治性和機密性，相關資訊是否宜於提供或作成紀錄，屬於總統「國家機密特權」之範圍，惟有總統始能決定。且法院要求提出「曾經經辦國家機密保護法核定為國家機密相關流程之文件資料」，範圍過廣，與系爭案件並無具體關聯性，且將「曾經經辦國家機密保護法核定為國家機密相關流程之文件資料」全部提出，恐更易造成國家機密外洩，將侵犯總統「國家機密特權」之範圍。尤其總統位居國家元首之憲政高度，基於憲法負有維護國家安全與利益之責任，因此涉及總統「國家機密特權」之事項，唯有總統始能決定是否提供此等資訊，故以總統府函向台灣台北地方法院陳明有不到場之正當理由（附件十三）。
7.台灣台北地方法院復於2007年1月19日發函總統（附件二：北院錦刑團95矚重訴字第0960001154號函），要求總統「請查如說明三所示之事項，並請以最速件方式於民國96年1月22日中午12時前，將相關文件送院核辦」等語，並載明「…（總統）應依期覆知本院，否則屆期不得再行主張本案有任何國家機密保護法之適用。若事後再以其他事由爭執，即有刑法第138條隱匿公務員職務上掌管文書及物品罪嫌，而應併由檢察官依法追訴。」此一函文內容明顯違反憲法第52條總統刑事豁免權之規定及侵犯總統依據憲法權力分立原則所擁有之「國家機密特權」(State Secrets Privilege)。詳言之，該等機密外交資訊是否宜於揭露，揭示程度為何，應由總統基於「國家機密特權」(State Secrets Privilege)加以考量，決定是否提供，至少應允許總統以機密方式說明該等資訊之揭露對於國家安全存有「合理危險」(reasonable danger)，法院即應判定該國家機密特權之主張正當，而不應堅持欲親自審查該機密內容（即使由法官單獨秘密審查亦然），否則將危及此特權原欲保護之機密安全。同時，該函甚至違反法院「不告不理」、「審檢分立」之基本原則，明示「若（總統）事後再以其他事由爭執，即有刑法第138條隱匿公務員職務上掌管文書及物品罪嫌，而應併由檢察官依法追訴。」更公然視憲法第52條總統刑事豁免權之規定於無物，指示檢察官追訴現任總統，嚴重違反憲法規定。
8.前開台北地方法院函與刑事訴訟法、刑法、國家機密保護法亦有未合。首先，刑事訴訟法並未賦予法院得命總統在一定期限內交付公文書之權力，法院要求總統「請查如說明三所示之事項，並請以最速件方式於民國96年1月22日中午12時前，將相關文件送院核辦」等語，顯然缺乏刑事訴訟法之依據。即使法院採取搜索扣押之保全程序，刑事訴訟法第134條也明文規定「政府機關、公務員或曾為公務員之人所持有或保管之文書及其他物件，如為其職務上應守秘密者，非經該管監督機關或公務員允許，不得扣押。」法院竟無視於此一規定，限期要總統交出文書，並自創「屆期不得再行主張本案有任何國家機密保護法適用」之法律效果，令人費解。且國家機密保護法並沒有賦予法院自由裁量有無該法適用之權限，如依法經核定為國家機密者，法院應遵守國家機密保護法之規定，不論何時提出，法院就必須依法為之。
9.更難令人接受的是，前開台北地方法院公函引用刑法第138條隱匿公務員職務上掌管文書及物品罪，禁止總統「事後再以其他理由爭執」。此不僅違反法院「不告不理」及「審檢分立」之原則，法院並無指揮檢察官提起公訴之權力，公文書卻載明「應併由檢察官依法追訴」。再者，該公函引用刑法第138條之罪，尤缺乏說服力，事實上該等文件資料由總統府依法保管在檔案室中，何來「隱匿」之行為？從前述刑事訴訟法第134條規定亦可知，監督機關或公務員依法可以拒絕法院扣押文書，且總統依憲法享有「國家機密特權」，因此總統決定不向法院提出相關文書，係總統職權之正當行使，何來構成「隱匿公文書」之犯罪？
六、台灣台北地方法院北院錦刑團95矚重訴字第0960001154號函之內容，已構成重大明顯之違憲，且將造成侵害總統職權與洩漏國家機密等無法回復之損害，情況急迫，貴院應立即為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案訴訟程序，並廢棄台灣台北地方法院開放閱卷之裁定：
1.由於前開台灣台北地方法院北院錦刑團95矚重訴字第0960001154號函之內容，已構成重大明顯之違憲，且台灣台北地方法院無視於總統依憲法享有之「國家機密特權」，決定就檢察官聲請書所示之6項機密外交工作，於2007年1月23日開放閱卷。蓋機密資訊一旦容許他人閱卷，就將產生無法回復之損害，總統基於憲法保障之「國家機密特權」，面對此一重大外交機密將洩漏之急迫情形，聲請 貴院為暫時處分，命令台灣台北地方法院停止該案訴訟程序，並廢棄台灣台北地方法院開放閱卷之裁定，以保障憲法賦予總統之職權及維護憲法權力分立原則，並防範6項機密外交工作資訊一旦洩漏，將造成國家安全與機密外交不可回復之傷害。
2.此外，基於憲法第52條之意旨，檢察官在其起訴書中公開指名總統為「未經起訴之正犯」，此項作為不但牴觸「對現任總統不得進行刑事訴究」所欲維護之核心憲政價值，且破壞憲法所建立之「總統因法律責任去職所應遵循的憲法程序」。檢察官起訴書既有諸多明顯違憲情事尚待 貴院釐清，倘若台灣台北地方法院一旦對此未察而逕就本案為實體審理裁判者，無論結果係有罪或無罪之判決，終將無可避免地使原本應保持中立客觀之法院立即淪為政治紛爭之主要戰場，致令憲法第52條所寓含保護中立客觀的刑事司法體系避免捲入政爭之機能破壞殆盡。況且，倘若法院以此違憲之起訴作為基礎，進行本案之實質審理，甚至進一步做成有罪或無罪之判決時，縱其後 貴院就憲法第52條總統刑事豁免權保障範圍予以釐清，則該審判程序與判決如何善後，不但成為難以解決之問題，更恐對憲法刑事豁免權之基本原則及其維護司法免於捲入政爭之機能造成不可回復之重大損害。為防止以上諸多不利益結果之發生，特別是保護普通法院免於陷入政治漩渦之迫切需要，由 貴院於本案解釋前作成暫時處分，客觀上當具急迫性，且已為別無其他手段可資防免之唯一途徑。
七、現任總統在偵查與審判階段皆不能被傳喚作證：
1.所謂「證人」（Zeuge），係指於刑事程序中，陳述自己對於系爭刑事案件之待證事實的見聞的訴訟第三人。刑事訴訟法第176條之1規定：「除法律另有規定外，不問何人，於他人之案件，有為證人之義務。」在理念上代表了「公眾有權利取得每一個人之證據」(The public has a right to every man’s evidence)此項重要原則，擔保刑事司法發現真實之功能。惟此一原則並非毫無例外，刑事訴訟法第176條之1本身即容許有「法定例外」之規定。當有憲法層次或其他重大公共利益層次之正當化理由時，此一「作證義務」就應有所退讓。
2.由於刑事訴訟法第176條之1「作證義務」之規定，係藉由同法第175條「傳喚」（Ladung）之「對人強制處分」而實現，第178條並設有無正當理由不到場得以「罰鍰」甚至「拘提」（Vorführung）之限制人身自由的結果。倘若現任總統在偵查與審判階段得被傳喚作證，即將使總統籠罩在「強制處分權」之陰影下，不僅是侵害總統尊崇與地位之層次，甚至將實質妨害影響總統之職權，使總統不能行使職務，明顯違反憲法第52條之意旨。
3.此外，證人依刑事訴訟法第186、187、189條等尚負有「具結義務」和「真實陳述義務」（Wahrheitspflicht），無法定理由拒絕具結或拒絕證言，都可處以罰鍰之制裁效果。具結後違反「真實陳述義務」，還可能受到刑法第168條「偽證罪」之制裁。當總統作證涉及保護國家安全或外交機密等國家利益之需要時，就可能出現義務衝突之問題（參見前述「首長特權（行政特權）」（Executive Privilege）及「國家機密特權」（State Secrets Privilege）之說明）。
4.誠如法國最高法院（Cour de cassation）於2001年10月10日作成判決 所採之見解，認為預審法官就席哈克擔任總統前之行為，並無傳喚總統作證之權力。該項判決指出：「共和國總統於其任內無論任何犯行，皆不能在普通法的刑事司法程序中，擔任輔助證人，以及被起訴、被傳訊或被移送法院。刑事訴訟法第101條所規定出庭擔任證人之義務並不適用於總統，因為此項作證之義務根據刑事訴訟法第109條具有強制性質，並能動用公權力執行且處以刑事罰則。然而，最高司法院僅能審理總統於執行職務時所犯的叛國罪，因此對總統於叛國罪外的犯行無法依照普通法的刑事司法程序加以訴究，法定追訴期限因此順延。 」亦即預審法官無權使用強制手段來與總統對抗。然而如同席哈克總統收到由阿勒範預審法官所發出傳票本身附帶有強制性罰則，當關係人拒絕接受傳喚時，預審法官可「動用公權力執行」及「罰鍰」（法國刑事訴訟法101 、109及113條）之方式來排除司法障礙。此項強制手段顯然違反了國家元首不受侵犯之原則，與憲法委員會n° 98-408 DC解釋相牴觸。
5.在美國法之下，即使Clinton v. Jones一案 ，美國聯邦最高法院認為美國總統就其「任期前之行為」，在任期中不能豁免民事賠償之訴訟。但美國聯邦最高法院在該案中亦對「強制總統作證」有所保留，在判決理由中，最高法院限定其判旨射程，小心地強調，本案所面對之問題，並非「法院是否可強制總統在特定時間地點出庭」。最高法院說明，其今日在本案之決定，係奠基在「總統之證詞係可在白宮詰取且若即使舉行公判亦無必要總統親自到庭」之前提假設上 。
6.依前所述，由於在偵查與審判階段傳喚現任總統作證，將使總統籠罩在「強制處分權」之陰影下，不僅是侵害總統尊崇與地位之層次，甚至將實質妨害影響總統之職權，使總統不能行使職務，明顯違反憲法第52條之意旨。同時，「具結義務」和「真實陳述義務」（Wahrheitspflicht）亦可能拘束總統職務上政治自由判斷之範圍，從而侵及總統此一「職務」及其「憲政功能」，因此，刑事訴訟法第176條之1規定未對現任總統為除外規定，有違憲法第52條規定之意旨。或應依「合憲法律解釋原則」，將憲法第52條「不受刑事上訴究」之規定，解釋為刑事訴訟法第176條之1規定所稱之「法律另有規定」，現任總統在偵查與審判階段皆不能被傳喚作證 。
八、基於共同正犯一體性之法理（犯意聯絡與行為分擔形成一個犯罪共同體），對總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，應一併暫時不得追訴、審判，給予「程序上之暫時豁免」(litigation immunity; temporary immunity)，俟總統卸任後再予處理：
1.所謂「共同正犯」（Mittäterschaft），其正犯要素係一種「功能之犯罪支配」（functionalle Tatherherschaft） 。亦即每一正犯與其他正犯之「相互作用」、「分工合作」，而共同支配整個犯罪過程。在主觀方面，各個正犯經由「共同之行為決意」（Gemeinsamer Tatentschluss），而連成一體，形成一個「犯罪共同體」。在客觀上，各個正犯經由「共同之行為實施」（Gemeinschatliche Tatausfüring）而連成一體。
2.基於前述共同正犯一體性之法理（犯意聯絡與行為分擔形成一個犯罪共同體），對總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，倘若於總統任期中起訴、審判，縱使未起訴總統，在審理過程中勢必要審理包括總統在內之「犯罪共同體」，是否構成「功能之犯罪支配」（functionalle Tatherherschaft），從而必然會妨礙憲法賦予總統之職權、地位與功能。
3.在總統形式上未被起訴下，對總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，倘若於總統任期中起訴，也將造成法院能否傳喚總統作證之爭議。傳喚總統作證不僅涉及侵犯總統刑事豁免權之問題（如前所述），於此更涉及「共同被告之證人適格」之爭議。詳言之，若採「形式之共同被告概念」，總統形式上未被起訴，程序分離，似得為證人。但在涉及總統豁免權之案件中，採「形式之共同被告概念」顯然與憲法第52條保護總統職權地位與避免司法捲入政治紛爭之意旨嚴重相悖，應採「實質之共同被告概念」 ，總統不得為證人。
4.倘若對總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，加以追訴、審判，尚涉及特定身分之「義務犯」（Pflichtdelikte） 之情形。由於「義務犯」（Pflichtdelikte）本質上不適用前述「功能之犯罪支配」（functionalle Tatherherschaft）理論，若總統所涉及犯罪為「義務犯」之性質，但卻藉由刑法第31條之「刑罰擴張事由」 ，於總統任期中對不具特定身分者先加以起訴與審判，間接達到審判總統之目的，其正當性更明顯不足，甚至有刻意規避憲法第52條規定成為「脫法行為」之嫌。
5.綜上所述，基於共同正犯一體性之法理（犯意聯絡與行為分擔形成一個犯罪共同體），對總統所涉內亂或外患罪外刑事案件之共同正犯，應一併暫時不得追訴、審判，俟總統卸任後再予處理，方符合憲法第52條意旨。
九、法院組織法第63條之1於最高法院檢察署設特偵組偵查總統，有違憲法第52條總統刑事豁免權
查法院組織法於2006年2月3日修正公布，新增第63條之1第1項第1款，於最高法院檢察署設特別偵查組，職司涉及總統、副總統、五院院長、部會首長或上將階級軍職人員之貪瀆案件。另外，特別偵查組依同條第1項第2款職司選務機關、政黨或候選人於總統、副總統或立法委員選舉時，涉嫌全國性舞弊事件或妨害選舉之案件，其得偵查之「候選人」依文義包括競選連任之現任總統在內。查此一新增第63條之1之立法，係「依黨團協商條文通過」，其中缺乏具說服力之法理依據。且貪瀆案件本質上屬於刑事案件，縱令總統於任期內有涉及貪瀆之罪嫌，然總統既受憲法第52條刑事豁免權之保障，任何檢察官針對總統涉及之刑事案件進行偵查、起訴、不起訴處分等作為皆應屬不得逸脫此一憲法規定。綜此，法院組織法第63條之1第1項第1款由特偵組職司涉及總統之貪瀆案件，以及第2款規定職司選務機關、政黨或候選人於總統、副總統或立法委員選舉時，涉嫌全國性舞弊事件或妨害選舉之案件，其得偵查之「候選人」依文義包括競選連任之現任總統在內，顯與憲法第52條牴觸而構成違憲。
此致
司法院
2007年1月25日