遽聞教宗若望保祿二世不幸因病辭世，陳總統水扁先生及呂副總統秀蓮女士咸表最深沉的哀悼之意，為世界失去了一位偉大的宗教領袖深感遺憾與哀傷。
總統並已指示外交部向教廷表達悼念之忱，並表示教宗的辭世無疑世界一大損失，中華民國政府與人民同感悲傷。
總統進一步表示，夫人吳淑珍女士曾於二○○三年七月赴訪教廷，代表他及中華民國政府與人民致賀教宗就職二十五週年慶，在致教宗信中，總統對教宗所揭櫫「和平之四大支柱─真理、正義、仁愛、自由」極為認同，且堅信台海的和平只有在兩岸尊重與遵守前述四大支柱方能維繫。
總統並回顧，夫人與教宗均坐在輪椅上握手的歷史性一刻，國人深為感動，而教宗對夫人的熱誠接待，並致贈象徵祈福之念珠一串，夫人與他深覺感謝，並非常珍惜且妥為保存。如今教宗不幸離世，但他畢生為追求全人類幸福和平的身影相信將會永留世人心中。
副總統也推崇教宗一生親赴世界各地表達關心，並為人類和平畢窮心力，無私無我的付出，並期望在世人持續努力下，教宗所致力追求的世界和平能早日到來。