結束巴拿馬兩天訪問行程，馬英九總統於當地時間7月2日（週三）上午8時50分（臺北時間2日晚間9時50分）抵達巴國Howard Pacific機場，並在該國新任外交部次長殷卡比耶（Luis Miguel Hincapié）、禮賓司長蘇尼卡（Roberto Zuñiga）及旅巴僑胞與學生代表的歡送下，搭乘專機轉赴薩爾瓦多訪問。
經過約兩個小時的飛行，馬總統率「興誼專案」訪團於當地時間上午10時10分（臺北時間3日凌晨零時10分）抵達薩爾瓦多薩京國際機場。
專機停妥後，我駐薩國大使李新穎及薩國外交部禮賓司司長阿雷法洛（Cesar Arevalo）登機迎接馬總統，薩國外交部長馬丁內斯（Hugo Roger Martinez Bonilla）迎於機梯旁，並陪同馬總統步上紅地毯接受禮兵致敬，嗣薩國軍樂隊演奏兩國國歌，薩京市長吉哈諾（Norman Quijano González）隨即致贈市鑰予馬總統，以表達對我訪團的誠摯歡迎之意。
稍後，馬總統發表抵薩聲明時表示，他非常榮幸應薩國總統桑契斯（Salvador Sánchez Cerén）邀請，率團前來訪問；他於2009年曾率團參加薩國前總統傅內斯（Mauricio Funes）就職典禮，當時即對該國秀麗山川景色及勤奮與友善的人民留下深刻印象，此行再度前來，倍感親切。
馬總統提到，中華民國與薩爾瓦多已建交81年，兩國在農業技術、職業訓練及醫療衛生等領域均有多項合作計畫，日前他出席巴拿馬新任總統瓦雷拉（Juan Carlos Varela）就職典禮時，即與前來申賀的桑契斯總統就兩國共同關切議題相互交換意見，此行造訪薩國，相信將有更長時間與更多機會與桑契斯總統繼續探討提升兩國關係之作法。
最後，馬總統也再度感謝前來接機的馬丁內斯部長、旅薩僑胞及中華民國小學學生代表。
機場歡迎儀式結束後，馬總統一行轉赴薩國總統府與桑契斯總統會晤。馬總統抵達後，桑契斯總統於總統府外階梯前親自迎接，現場並演奏兩國國歌，續由薩國當地幼童向馬總統呈獻傳統禮品，以表達對我訪團之重視。
隨後，兩國元首就雙邊合作計畫、經貿投資、能源及觀光發展等議題相互交換意見，並簽署聯合公報及相互贈勳。
馬總統於簽署聯合公報後致詞表示，他此行率團前來薩國訪問，受到薩國政府與人民高度禮遇及熱誠接待，內心倍感溫馨愉悅。
馬總統說，他非常高興與桑契斯總統就強化兩國關係事宜共同簽署聯合公報，並接受渠頒贈該國「荷西˙馬蒂亞斯˙德爾嘉多˙金質大十字勳章」，不僅深感殊榮，更充分彰顯臺薩兩國政府及人民情誼深厚，彌足珍貴。
馬總統強調，臺薩兩國邦誼一向敦睦友好，且各項合作交流向極密切，而桑契斯總統是薩國傑出政治領袖，識見深遠、勤政愛民，深獲全國人民擁戴，相信薩國在渠卓越領導下，定將飛躍進步、日益繁榮。
馬總統談到，他今日也代表中華民國政府及人民致贈象徵最高榮耀的「采玉大勳章」予桑契斯總統，以表彰渠對促進臺薩邦誼之卓著貢獻，相信經由雙方共同努力，臺薩兩國情誼定能在既有基礎上更加深化。
結束聯合公報簽署儀式後，馬總統一行受邀出席桑契斯總統的午宴活動。馬總統致詞時告訴與會賓客，此行是他第二度訪問薩國，距前次來訪已時隔5年，發現薩國在各方面均有長足進步，而桑契斯總統就任迄今已逾一個月，先前與渠會晤過程中，瞭解渠對該國施政之願景與規劃，希望兩國未來在許多領域能繼續合作，其中貿易、能源及觀光等將列為雙邊合作之重點項目，期能進一步提升雙方人民福祉。
聯合公報內容全文為：
中華民國總統馬英九博士應薩爾瓦多共和國總統桑契斯閣下之邀請，率團於2014年7月2日至3日在薩國進行官式訪問。
此次官式訪問彰顯兩國人民及政府重申、增進、深化雙方友誼及合作之意願，同時藉以慶祝雙方締結邦誼80週年。
馬總統抵達薩國後，隨即接受國家元首級之隆重歡迎儀式，繼由薩京呈獻市鑰，隨後赴總統府，並在雙方政府相關閣員陪同下與桑契斯總統進行重要會談。
兩國元首於會談中曾談及下列議題：
一、兩國元首重申重視及尊重民主、和平、人權、國家主權等普世價值，共同表達促進貿易、投資及合作之意願。
二、兩國元首就雙邊關係暨展望、國際現勢、區域情勢、兩國進步與發展之機會與挑戰，以及如何強化雙邊合作交換意見。
三、桑契斯總統表達持續深化兩國外交、經貿、合作關係之承諾，馬總統則表達中華民國願續做為薩國人民經濟及社會發展之重要夥伴。
四、桑契斯總統代表薩爾瓦多感謝中華民國於2009至2014年間，配合薩國五年發展綱領提供之無償雙邊合作計畫，嘉惠醫療、教育、經濟、微小企業、司法治安、環境、社會融合、機構強化等主要範疇。另感謝中華民國藉由技術團、研習班、獎學金、人道援助及區域計畫所提供之各項合作。
五、兩國元首稱許中華民國與薩爾瓦多共和國過去推動2009至2014年間五年雙邊合作之效率及透明，並共同承諾持續以透明及效率原則運用合作資源，以確保用於薩國優先發展所需。
六、馬總統確認中華民國政府已決定將透過2014至2019五年雙邊合作計畫持續於能力範圍內協助薩國桑契斯總統之政府，配合其發展首要之策略領域。此外，兩國元首也表達重視三方合作、非官方援助、援助在地化、兩國民間社團聯繫等多樣之合作模式。
七、兩國元首強調將共同協力減緩及改善氣候變遷效應對兩國及全球所帶來之衝擊，桑契斯總統感謝中華民國政府在薩國因遭逢天災襲擊宣布國家進入緊急狀態時提供之援助。
八、 兩國元首讚許近年來兩國在簽署貿易、投資、航空、簽證等協定後雙邊經濟關係之進展，肯定該等協定做為促進雙邊關係，建立兩國成為互補經濟體系之法律架構。
九、 基於上述，兩國元首責請貿易業務之相關部會儘速建立「臺薩自由貿易協定執行委員會」，以落實臺薩自由貿易協定之相關規範，俾確認協助薩國商品輸銷臺灣市場之最佳條件。
十、 兩國元首強調中華民國中美洲經貿辦事處（CATO）及中華民國對外貿易發展協會（TAITRA）已協助提高薩國商品在臺灣市場能見度，此亦有助薩國商品在臺促銷及吸引臺商來薩國投資。
十一、 桑契斯總統表達為加強及深化吸引投資及擴大薩國貿易關係，將計劃在薩國駐華外交機構設立經濟參事處。
十二、 桑契斯總統重申持續投資基礎建設以推動產業升級，以期強化貨物流動、改善發展失衡、振興生產鏈、環境保護等策略，並增進社會正義之整體發展，至盼在中華民國等傳統合作夥伴之支持下，可早日竟功。
十三、 桑契斯總統肯定並感謝中華民國透過中美洲統合體（SICA）提供中美洲地區之無償經濟援助，對本區域在災害處理、氣候變遷、社會統合、觀光統合、機構強化等領域之發展具有高度重要意義。
十四、 桑契斯總統亦感謝中華民國以中美洲統合體（SICA）觀察員身分，透過中華民國－中美洲經濟發展基金機制，推動包括區域統合、貿易、經濟、社會發展、能力建構等合作計畫。
十五、 馬總統表示中華民國賡續支持中美洲統合之意願，並重申得於近期內召開第16屆中華民國與中美洲友邦混合委員會外長會議，藉以強化中華民國與薩國及中美洲區域間之關係。
十六、 馬總統感謝薩爾瓦多政府在中華民國申請有意義參與聯合國專門機構及其他國際組織給予之協助。
十七、 馬總統邀請桑契斯總統適時訪問中華民國，桑契斯總統感謝馬總統之邀請，並重申樂願在兩國政府商定之日期成行。
十八、 馬總統感謝薩爾瓦多人民及政府在所率訪團到訪期間提供之熱誠歡迎與隆重禮遇。
本聯合公報以中文及西文繕製，兩種文字同一作準。
簽署於中華民國103年7月2日即公元2014年7月2日於薩爾瓦多共和國聖薩爾瓦多市。