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秘書長：設置秘書長一人，接受總統的命令，負責總統府所有的事務，並同且指揮、監督總統府的職員。
副秘書長：有兩位副秘書長，協助秘書長處理各項事務。
第一局：負責公布法律、發布命令、文武官員任免、立法院行使任命同意權提名作業及外文譯、簽辦等事項。
第二局：負責勳章、印信及授予榮典的相關事項，以及公文的處理、檔案的管理、公報的編印發行和資訊業務的規劃執行等事宜。
第三局：負責總統府的典禮舉辦、招待訪賓、府內事務管理、交通管理及出納等事項。
機要室：負責協調安排總統地方巡視行程、總統大事年表資料之蒐集與編纂，以及總統、副總統祝賀文電及攝影業務之處理等事項。
侍衛室：負責總統及副總統有關安全維護及臨時機動勤務事宜。
公共事務室：負責政策宣導、新聞發布、輿情反映、全球資訊網、音樂會及民眾陳情等業務。
人事處：辦理總統府人事管理事項，及資政、國策顧問聘免事宜。
會計處：辦理總統府預算編列控制、及執行審核等事項，並負責統計資料之蒐集分析。
政風處：負責維護公務機密、機關安全及端正政風等事宜。
中央研究院：為總統府的直屬單位，也是中華民國學術研究最高機關，主要任務有二：一為人文及科學研究，一為指導、聯絡及獎勵學術研究。
國史館：為總統府的直屬單位，負責纂修國史及典藏國家重要史料文獻等事宜。
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